| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2279605 = | 363 (0.820) | 19 (0.060) | 9/86 | NT | 7.2% | coding (1751/1761 nt) | yejM | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor |
| ? | CP009273 | 2279638 = | 208 (0.610) | intergenic (+23/‑52) | yejM/proL | essential inner membrane DUF3413 domain‑containing protein; lipid A production and membrane permeability factor/tRNA‑Pro | |||||
Only 100 of 627 total aligned reads displayed.
AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 | atagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:28081566/66‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:24324681/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:18500042/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:5443345/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:6856641/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:1459983/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:36825896/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:13671637/68‑1 (MQ=255)agagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTAt < 1:8250904/68‑1 (MQ=255) tgcgctacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattt > 1:14317625‑M1/67‑67 (MQ=255) gagtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:12690833/1‑68 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:25881777/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:3936044/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:4841667/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:5097643/1‑67 (MQ=255) agtgaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATc > 1:35040296/1‑67 (MQ=255) gaaagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:18940343/1‑68 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTaa > 1:8668338‑M1/62‑68 (MQ=255) tacgtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTa < 1:4421230‑M1/6‑1 (MQ=255) aagaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTa > 1:32782463/1‑66 (MQ=255) agaTGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACt < 1:15719850/68‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:17214891‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:7643305‑M1/10‑1 (MQ=255) gtgccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTg < 1:25086132‑M1/10‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:16948013/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:26681705/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:26955158/67‑1 (MQ=255) tGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGa < 1:8487038/67‑1 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:2088971‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGat > 1:21069731‑M1/57‑68 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:8056818‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:31363241‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:3594900‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:22420993‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:35309831‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:11676373‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:11290004‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcgtggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:27458393‑M1/57‑67 (MQ=255) gccgactcggggctgctaatactaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGa > 1:19253651‑M1/57‑67 (MQ=255) aaaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaa < 1:15058347/68‑1 (MQ=255) aaaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaat < 1:28434973/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTATGTTTGTCCTTGCAAGTGCTTTCAGACTAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:36104428/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGTCGAGAAGCGGTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:21741429/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:23717724/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:33547906/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:20698143/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:1377263/68‑1 (MQ=255) aaCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatt < 1:10187684/68‑1 (MQ=255) aCCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGattaatta > 1:2391067/1‑68 (MQ=255) gTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTa > 1:9754117/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:34067150/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:34315482/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:31946558/68‑1 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:12411436/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc > 1:1677197/1‑68 (MQ=255) ttGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGc < 1:12159475/68‑1 (MQ=255) actaccgttttccacaccgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGatt > 1:14040620‑M1/37‑49 (MQ=255) tATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGaaa > 1:17757336/1‑68 (MQ=255) atagCAAGTGCTGACAGAGGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGAATAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:942369/65‑1 (MQ=38) aTTGCAAGTGCTGTCAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGAATAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:26072530/68‑1 (MQ=39) aTTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAat < 1:25255931/68‑1 (MQ=255) cgttttccacaccgattgcaagtaagatattTAGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGCAata < 1:19548448‑M1/37‑1 (MQ=255) gCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATc < 1:31583976/68‑1 (MQ=255) gCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATc < 1:23148850/68‑1 (MQ=255) aGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCtt > 1:424744/1‑67 (MQ=255) aGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTa < 1:36626412/68‑1 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTAc < 1:20460922/66‑1 (MQ=255) gCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGATAGCGAAATATCTTACt < 1:30860512/67‑1 (MQ=255) tGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTg < 1:27273014/67‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATGATACTTGc < 1:29337842‑M1/47‑1 (MQ=255) accgattgcaagtaagatattTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGc < 1:32388965‑M1/47‑1 (MQ=255) gACAGACTAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGGTAGCGAAATATCTTACTTGCa < 1:35790836/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCgg < 1:16380734/67‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:13123940/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:7178192/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:32949138/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:24659028/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:29828932/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGgt < 1:17434426/68‑1 (MQ=255) cGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATAGCTTACTTGCAATCgg < 1:25586711/67‑1 (MQ=255) atagaAGCGTTTTATCTCTAACTGATTAATTATATATTAGTTATCGAAATATCTTTCTTGCTATCGgt < 1:15390954/66‑1 (MQ=255) gagaAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCATTCGgtg < 1:21580192/68‑1 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGa > 1:15955237/1‑68 (MQ=255) aGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGa < 1:27695601/68‑1 (MQ=255) cGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGAAATCGGTGTGGaaa > 1:7320769/1‑68 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAAc < 1:5625412/67‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAAc < 1:5984569/67‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAAc < 1:6536638/67‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACg < 1:3473250/68‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACg < 1:23399615/68‑1 (MQ=255) tttATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACg < 1:30347881/68‑1 (MQ=255) tATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgt < 1:35424936/68‑1 (MQ=255) tATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgt < 1:33693221/68‑1 (MQ=255) tATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgt < 1:8931771/68‑1 (MQ=255) aTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgta > 1:22603448/1‑68 (MQ=255) aTCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgta > 1:10481345/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:19674603‑M1/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:33326401‑M1/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:29966108‑M1/1‑68 (MQ=255) TCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGgtag > 1:28936540‑M1/1‑68 (MQ=255) | AGAGTGAAAGATGAAAAACCACAGTTAAGTTTGTTATTGCAAGTGCTGACAGACGAGAAGCGTTTTATCGCTAACTGATTAATTATAAATCAGTTAGCGAAATATCTTACTTGCAATCGGTGTGGAAAACGGTAG > CP009273/2279538‑2279672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |