| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 2787742 = | 482 (1.080) | 34 (0.090) | 8/96 | NT | 8.8% | coding (131/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter |
| ? | CP009273 | 2787778 = | 289 (0.760) | coding (167/1401 nt) | gabP | gamma‑aminobutyrate transporter | |||||
Only 100 of 608 total aligned reads displayed.
TGTCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGC > CP009273/2787676‑2787808 | tgtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCggg > 1:11223853/1‑67 (MQ=255)tgtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCggg > 1:27061476/1‑67 (MQ=255)tgtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCggg > 1:28381275/1‑67 (MQ=255)tgtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGc < 1:21973099/68‑1 (MQ=255)tgtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGc < 1:8628879/68‑1 (MQ=255)tgtCTATTGCCGGTGTTAGCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGc < 1:35596130/68‑1 (MQ=255)acgaaccggtatcgggcgtggcaaccgccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtag < 1:18860445‑M1/1‑1 (MQ=255)acgaaccggtatcgggcgtggcaaccgccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtag < 1:1847510‑M1/1‑1 (MQ=255) gtCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGc > 1:26778620/1‑67 (MQ=255) gaaccggtatcgggcgtggcaaccgccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtaGccc > 1:6447552‑M1/65‑68 (MQ=255) cTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcg > 1:29650282/1‑68 (MQ=255) cTATTGCCGGTGTTATCGGAGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcg > 1:4178981/1‑68 (MQ=255) accggtatcgggcgtggcaaccgccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtaGCCcgg > 1:7870349‑M1/63‑68 (MQ=255) accggtatcgggcgtggcaaccgccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtaGCCcgg > 1:20524257‑M1/63‑68 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggc > 1:4601281/1‑68 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggc > 1:1255926/1‑68 (MQ=255) aTTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggc > 1:19221127/1‑68 (MQ=255) ttcccGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggcg < 1:11073558/65‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcgtcg < 1:20892330/68‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggcg < 1:23386865/68‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggcg < 1:32223636/68‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggcg < 1:33594254/68‑1 (MQ=255) tGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCTGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCcggcgg < 1:8286127/68‑1 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCCGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:29113776/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:29444084/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:27601095/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt < 1:25412774/68‑1 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:23181344/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:21588615/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:9454089/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt < 1:23557052/68‑1 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:30325656/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt > 1:31447952/1‑68 (MQ=255) gCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGt < 1:11674903/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTAt < 1:32768413/68‑1 (MQ=255) cGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTAt < 1:1230980/68‑1 (MQ=255) ggggtTATCGGCGCAAGTCTGGTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTAtt < 1:8857383/65‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTAtt < 1:20278808/68‑1 (MQ=255) ggTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTAtt < 1:12032673/68‑1 (MQ=255) 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tATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTg < 1:2563827/67‑1 (MQ=255) tATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTg < 1:2614192/67‑1 (MQ=255) tATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGGCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTg < 1:26006011/67‑1 (MQ=255) aTCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGc < 1:33853706/68‑1 (MQ=255) aTCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGc < 1:6092744/68‑1 (MQ=255) aTCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGc < 1:19768584/68‑1 (MQ=255) gcAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATc < 1:5005930/67‑1 (MQ=255) gcAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCt < 1:16742546/68‑1 (MQ=255) gcAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCAGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATc < 1:26371404/67‑1 (MQ=255) ccatttccgccaacatccgcataatcataaccaccagtaGCCCGGCGGTTTTTCTGGGCTATCTGTTc < 1:7703507‑M1/29‑1 (MQ=255) 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gCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGtt > 1:31149434/1‑68 (MQ=255) | TGTCTATTGCCGGTGTTATCGGCGCAAGTCTGTTTGTCGGTTCCAGCGTCGCCATCGCCGAAGCGGGCCCGGCGGTATTACTGGCCTATCTGTTCGCCGGGCTACTGGTGGTTATGATTATGCGGATGTTGGC > CP009273/2787676‑2787808 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |