| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3487124 | NA (NA) | 18 (0.050) | 8/96 | NT | NA | noncoding (8/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | CP009273 | = 3487134 | NA (NA) | noncoding (18/26 nt) | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP248 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
Only 100 of 596 total aligned reads displayed.
GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTC > CP009273/3487057‑3487191 | gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:8224514‑M1/68‑1 (MQ=255)gTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG < 1:7997331‑M1/68‑1 (MQ=255) ttAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:31162482‑M1/1‑67 (MQ=255) ttAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACG > 1:8554888‑M1/1‑67 (MQ=255) tgggTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:34377487/66‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:21563452/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:9617191/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:17166109/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:27035378/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:15947676/68‑1 (MQ=255) tAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc < 1:15515077/68‑1 (MQ=255) aGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGc > 1:3187649/1‑67 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:26597161/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:19617536/1‑68 (MQ=255) gTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt > 1:2516382/1‑68 (MQ=255) tttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACt < 1:709214/67‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:17608242/68‑1 (MQ=255) ttCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTAt < 1:30861070/68‑1 (MQ=255) tCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTc < 1:21444142‑M2/68‑2 (MQ=255) cAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTc > 1:23047112‑M2/1‑66 (MQ=255) gtcaccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccgg > 1:33917690‑M2/1‑61 (MQ=255) caccgtcaGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGcc < 1:10026711/68‑1 (MQ=255) gCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTcc > 1:35727822/1‑66 (MQ=255) tAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaa > 1:21817977‑M2/1‑48 (MQ=255) tAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCctctct < 1:5640297/68‑1 (MQ=255) cacCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc < 1:13516685/68‑1 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:31382300/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:30209691/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:32817751/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:20438872/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:20620815/1‑67 (MQ=255) acCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTcc > 1:10656871/1‑67 (MQ=255) ccTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:32147214/1‑68 (MQ=255) cTGACCTCTCATTAATTGCTCTTGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCg < 1:3712170/68‑1 (MQ=255) cTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTccccc > 1:9248843/1‑67 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:24286458/68‑1 (MQ=255) tGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGc < 1:10255140/68‑1 (MQ=255) gccctgTCATTAATTCCCCCTGCCGGCCGGCAGTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagaggt > 1:12000918‑M2/3‑39 (MQ=255) gACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt < 1:23280585/68‑1 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGca > 1:1777032/1‑66 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:36054359/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:1917456/1‑67 (MQ=255) aCCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCt > 1:35438076/1‑67 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:29579044/1‑68 (MQ=255) ccTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTAc > 1:6347352/1‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg > 1:4101429/1‑68 (MQ=255) ctctCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACg < 1:7557872/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:24547741/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:2807123/68‑1 (MQ=255) tctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGt < 1:33722524/68‑1 (MQ=255) ctcATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTcgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggt > 1:18646886‑M2/1‑34 (MQ=255) ctcATTAATTGCGCATGCCGGACGGCACTATCGGcgcccggcatgagcaattaatgagaggtcagggt > 1:26917113‑M2/1‑34 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACTGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:209951/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:1816796/68‑1 (MQ=255) cATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa < 1:28919324/68‑1 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:30517625/68‑1 (MQ=255) aTTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCAt < 1:20773637/68‑1 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:27611787/1‑66 (MQ=255) ttAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCa > 1:28323409/1‑66 (MQ=255) tAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCt < 1:25961286/68‑1 (MQ=255) aaTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTa < 1:29064327/68‑1 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcatttaatgagaggtcagggtgttat > 1:36572223‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttat > 1:34675308‑M1/1‑17 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:11770828/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:19890966/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:22391286/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:23650865/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:16209208/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:2391388/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:14343150/1‑68 (MQ=255) aTTGCTCATGCCGGACGGCACTAACGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAt > 1:368334/1‑68 (MQ=255) tGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTAtt > 1:28566999/1‑67 (MQ=255) gCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTc < 1:24110033/68‑1 (MQ=255) gCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTc < 1:33421439/68‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCta > 1:27309651/1‑68 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:10806943/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:31617639/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:13096341/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:5263088/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:5911235/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:1102395/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:883096/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:3496425/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:22852151/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:29851515/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:14833181/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:14014761/67‑1 (MQ=255) tCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCt < 1:13277232/67‑1 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgcgagggcagggtgttctgctgccggtg > 1:4792809‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:18500716‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:29311084‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtg > 1:25584124‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggag > 1:6797935‑M1/1‑8 (MQ=255) gCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATaaa < 1:12512314/68‑1 (MQ=255) gACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGGGCCTCTATTTCTATCAAccc > 1:27798643/1‑67 (MQ=255) acgacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgacg > 1:20191893‑M1/1‑3 (MQ=255) aCGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAAccc > 1:12887414/1‑66 (MQ=255) cGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGc > 1:32995237/1‑67 (MQ=255) cGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCt < 1:11496434/68‑1 (MQ=255) gacgatagtgccgtccggcatgagcaattaatgagaggtcagggtgttatgctgacggtgacggctga < 1:16640304‑M1/68‑68 (MQ=255) | GTTAGGTTTCGTCAGCCGTCACCGTCAGCATAACACCCTGACCTCTCATTAATTGCTCATGCCGGACGGCACTATCGTCGTCCGGCCTTTTCCTCTCTTCCCCCGCTACGTGCATCTATTTCTATAAACCCGCTC > CP009273/3487057‑3487191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |