| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 802,799 | C→G | 8.6% | intergenic (‑62/+90) | ybhC ← / ← ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 802,799 | 0 | C | G | 8.6% | 375.0 / 18.3 | 110 | intergenic (‑62/+90) | ybhC/ybhB | acyl‑CoA thioesterase, lipoprotein/kinase inhibitor homolog, UPF0098 family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (70/30); new base G (4/5); total (74/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCACAGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCTTTAAGTGATACCAGATGGC > CP009273/802734‑802866 | cacaGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTg > 1:7626398/1‑68 (MQ=255) caGGTTGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc > 1:18849111/1‑66 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggca < 1:8109843/65‑4 (MQ=255) ttGCTCCGGGCTATGAAATAGAAAAATGAATCCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAAGTTggc < 1:27575578/64‑3 (MQ=255) gttcTGGTTTTTTATACTAACTTGAGCGAATGGTGTATGTAAAAAGACAAAATGTTGTTTTTAATTcc < 1:29563363/65‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCtt > 1:7467452/4‑68 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:19086506/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 1:1642246/64‑1 (MQ=255) tcagCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGGGAAGGTAAAAAGACAAAAAGTTGTTTTTAATACCt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |