Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,762,308 | T→G | 10.2% | G95G (GGT→GGG) | yfjQ → | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,762,308 | 0 | T | G | 10.2% | 1848.2 / 149.3 | 569 | G95G (GGT→GGG) | yfjQ | CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (314/196); new base G (48/10); total (363/206) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.60e-01 |
Only 100 of 589 total aligned reads displayed.
GTGACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGATGCTGCCGG > CP009273/2762241‑2762375 | gTGACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGt > 1:14388452/1‑68 (MQ=255) gTGACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCGACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGt > 1:24989719/1‑68 (MQ=255) tGACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTa > 1:27430538/1‑68 (MQ=255) gACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTaa > 1:6554061/1‑68 (MQ=255) gACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTaa > 1:12997664/1‑68 (MQ=255) aCCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTaa > 1:23498801/1‑67 (MQ=255) cccccGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAAc > 1:18908762/1‑68 (MQ=255) ccccGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACa > 1:23266599/1‑68 (MQ=255) cccGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAg > 1:7621365/1‑68 (MQ=255) cgtcgtcgtGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGCAGGCGCAAATTACCGGTTAACAGGt > 1:17967374/1‑68 (MQ=25) cgtGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGa < 1:25568601/68‑1 (MQ=255) gtGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGaa < 1:29357111/68‑1 (MQ=255) tGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGaaa > 1:19390086/1‑68 (MQ=255) tcATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGTGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAAtt < 1:36388259/66‑1 (MQ=255) gCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTa > 1:18273587/1‑68 (MQ=255) gCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTa > 1:16827318/1‑68 (MQ=255) gCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGATCCGGAAATTa > 1:19106866/1‑68 (MQ=255) tACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTAt > 1:29687609/1‑66 (MQ=255) aCTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTAt > 1:36081081/1‑65 (MQ=255) cTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCt > 1:20804241/1‑67 (MQ=255) cTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCt > 1:36712695/1‑67 (MQ=255) tAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGc < 1:8587115/68‑1 (MQ=255) tAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGc < 1:24708069/68‑1 (MQ=255) tAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGc < 1:12321554/68‑1 (MQ=255) aaacATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGc < 1:10650072/64‑1 (MQ=255) aaacATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCt > 1:33436514/4‑68 (MQ=255) aaGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCt > 1:30853483/1‑68 (MQ=255) aaGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCt > 1:22257882/1‑68 (MQ=255) aGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCtt > 1:10268429/1‑68 (MQ=255) gCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:28770668/1‑68 (MQ=255) gCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:32782061/1‑68 (MQ=255) acATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTa > 1:5042458/2‑68 (MQ=255) acATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTa > 1:28461694/2‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:32363425/1‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:8358526/1‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:14660618/1‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:29167153/1‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:33582676/1‑68 (MQ=255) cATATGTTACGTCTTCGCAGGGAAGGGCATATTAACGGGCAGGAAGTTCCTGAAATTATCCTGCTTaa > 1:35979772/1‑68 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:34133907/1‑67 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:23834694/1‑67 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:31718595/1‑67 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:6974892/1‑67 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:16032928/1‑67 (MQ=255) cATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:35586147/1‑67 (MQ=255) atatGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTa > 1:34992402/1‑66 (MQ=255) tgctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAActc > 1:21150940/1‑67 (MQ=255) tgctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAActc > 1:4834525/1‑67 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:938151/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:13226207/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:555491/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:22469968/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:15458161/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:15816364/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:16569908/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:24210170/1‑68 (MQ=255) gctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:21789976/1‑68 (MQ=255) ctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:229569/1‑67 (MQ=255) ctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:12553667/1‑67 (MQ=255) ctgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACtctc > 1:22009054/1‑67 (MQ=255) tgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCa < 1:13356642/67‑1 (MQ=255) tgcGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCAc > 1:9028214/1‑68 (MQ=255) gcCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGAt > 1:27087110/1‑68 (MQ=255) gcCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGAt > 1:33196554/1‑68 (MQ=255) gcCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGAt > 1:4082943/1‑68 (MQ=255) gcCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGAt < 1:3904895/68‑1 (MQ=255) ccTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATg > 1:6149790/1‑68 (MQ=255) ccTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTACCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATg > 1:1947982/1‑68 (MQ=255) cTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATg > 1:25784640/1‑67 (MQ=255) cTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATg < 1:20496099/67‑1 (MQ=255) tACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGc < 1:1090152/68‑1 (MQ=255) tACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGc < 1:26174265/68‑1 (MQ=255) acctCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCa < 1:34736739/65‑1 (MQ=255) aCGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCa < 1:37037686/68‑1 (MQ=255) aCGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCa < 1:1003428/68‑1 (MQ=255) aCGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCa < 1:18511472/68‑1 (MQ=255) cgacGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACACTCACGATGGCa > 1:26996696/4‑67 (MQ=255) cGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCCGAAATAATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCa > 1:252142/1‑67 (MQ=255) gTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCAcc > 1:17261160/1‑68 (MQ=255) cGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAg > 1:30448864/1‑68 (MQ=255) gggAGGTGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCGGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:29487265/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:3213541/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:11276823/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:2450748/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:19814948/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:5764617/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:7278477/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGt < 1:20141685/68‑1 (MQ=255) gggAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACACTCACGATGGCACCAGt < 1:9757184/68‑1 (MQ=255) gAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTc > 1:26466822/1‑68 (MQ=255) aGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTATCTCTCACGATGGCACCAGTTCg > 1:16380786/1‑68 (MQ=255) aGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCg > 1:13645810/1‑68 (MQ=255) ggCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGt < 1:4574447/66‑1 (MQ=255) ggCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGt < 1:34333267/66‑1 (MQ=255) ggCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGt < 1:26771139/66‑1 (MQ=255) ggCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGt < 1:14974772/66‑1 (MQ=255) ttACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGAt > 1:1163728/1‑67 (MQ=255) aCCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGAtgct < 1:35243186/68‑1 (MQ=255) aCCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGAtgct < 1:2806791/68‑1 (MQ=255) ccGGTAAACAGGGTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGAtgctg < 1:31438802/68‑1 (MQ=255) | GTGACCCCCGTCGTCGTGAGCATACTAAGCATATGCTGCGCCTACGTCGGGAGGGGCAAATTACCGGTAAACAGGTTCCGGAAATTATCCTGCTTAACTCTCACGATGGCACCAGTTCGTACCAGATGCTGCCGG > CP009273/2762241‑2762375 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |