Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,405 | A→C | 14.1% | P21P (CCA→CCC) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,405 | 0 | A | C | 14.1% | 1597.4 / 60.0 | 632 | P21P (CCA→CCC) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (188/342); new base C (96/5); total (284/348) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-31 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 636 total aligned reads displayed.
GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 | gCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAc < 1:18919320/68‑1 (MQ=255) cAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACg < 1:5909139/67‑1 (MQ=255) cAAAGGACGTATCATACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACg < 1:28039216/67‑1 (MQ=255) aaTGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgca < 1:2885936/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCgcac > 1:3559195/1‑66 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAcgccgc > 1:21577250/1‑68 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc > 1:9537124/1‑68 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc < 1:37030142/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc < 1:30187822/68‑1 (MQ=255) tGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACgcagc < 1:1940710/68‑1 (MQ=255) aCGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCccagcca > 1:18612540/1‑65 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCaa > 1:5301203/1‑66 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCAcc > 1:3258526/1‑68 (MQ=255) cGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc < 1:36034944/67‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGCCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:16307721/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:19663492/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:25285502/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCTGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:31597814/67‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:34570112/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGt > 1:10405607/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGc > 1:824336/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCATCTGGt > 1:31032847/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCCACCTTCTGGTGc > 1:13396846/1‑68 (MQ=39) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCCCCCTTCTGGt > 1:26418240/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCACCCGTCGGGTGc > 1:2483198/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCCGCAACCGTCTGGGGc > 1:30069295/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAc > 1:24920246/1‑58 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:14567660/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:25493669/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAACGTCTGGt > 1:2262317/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCGCCGCCACCGTCGGGTgg > 1:6770064/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAAAAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:34715598/1‑66 (MQ=255) gccAGCCTTAATGACACACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGGGCTggcggg < 1:1573038/66‑1 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcggg < 1:396236/68‑1 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcggg < 1:3791809/68‑1 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTggcgg > 1:14065231/1‑67 (MQ=255) gACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTgcgggcgg > 1:9819917/1‑67 (MQ=255) aCAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGTTCTggcgggc > 1:32985388/1‑68 (MQ=255) gCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcg > 1:33709841/1‑68 (MQ=255) cTTACTGACAACCAGCGCGCAGCGGGGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:14885352/68‑1 (MQ=38) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcgg > 1:4473498/1‑67 (MQ=255) cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcgg < 1:11580259/67‑1 (MQ=255) gcaccagtacgcgcgtcttaccactgcCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCtggcgggcgcggcc > 1:2409489‑M1/28‑66 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:3067330/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:28236957/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:13057073/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:12637241/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11961137/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:6595568/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:9080731/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:10588171/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:2094009/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:16808469/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22141536/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22779671/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCAACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11123708/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCCACCGTGTGGTGGGGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:35180890/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:21374904/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:5524225/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCCGCAACCGGATGGAGCTGGCGGGCCCGGGCAGtt > 1:2754884/1‑67 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCCCCACCCCACTAGGGCGGGCGGGGGCGGGCAGTg > 1:13829657/1‑68 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:26954094/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:9331342/68‑1 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGt > 1:15279010/1‑68 (MQ=38) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGt > 1:23714273/1‑68 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCACCAACCGTCTGGTGCAGGCGGGCGGGGGCAATggg > 1:20419055/1‑67 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:33349461/1‑68 (MQ=255) aaCACCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCATATGCTGCAGGCGGGCGAGGGCAGTGGaaa > 1:27299982/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCGTCTGGGGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTTAg > 1:6322149/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:16473941/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTTAg > 1:17376183/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:15918493/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:21143726/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGGGCGGGCAGTGGTTAg > 1:18786206/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCAACCACCAACCTTCTGGTGCAGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGa > 1:21776401/1‑68 (MQ=255) cgcgAAGCGGTGGCCCCGCCACCCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAccc > 1:10901906/1‑65 (MQ=38) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGGTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc > 1:7202311/1‑68 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:33902855/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:8669985/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:12464537/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:10013257/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:29706519/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:29200506/67‑1 (MQ=255) tcGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:18106938/67‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:34279363/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:31944603/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:14239149/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:7770634/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:19994892/68‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:23296297/68‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCAACCTGCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:17156481‑M1/63‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:27102043/67‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:31302991/67‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:36671262/68‑1 (MQ=255) ggCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGc < 1:24447623/68‑1 (MQ=255) cCCGCGCCAGGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:34948634‑M1/67‑1 (MQ=255) cCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAAGCGAGTACTGGTGCa < 1:20615190‑M1/67‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:4862988‑M1/1‑67 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATc > 1:17775595‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCg > 1:36248154‑M1/1‑68 (MQ=255) | GCCAATGGACGTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCG > CP009273/3991339‑3991472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |