Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 3,991,416 | T→G | 10.0% | L25R (CTT→CGT) | uvrD → | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 3,991,416 | 0 | T | G | 10.0% | 1607.8 / 29.5 | 640 | L25R (CTT→CGT) | uvrD | DNA‑dependent ATPase I and helicase II |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (196/345); new base G (65/5); total (288/352) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.35e-21 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 666 total aligned reads displayed.
GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 | gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:25285502/68‑1 (MQ=255) gTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCt < 1:35983026/68‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCTGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:31597814/67‑1 (MQ=255) ttCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCtt < 1:1422203/67‑1 (MQ=255) tACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt < 1:23279850/68‑1 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCCCCCTTGTGGt > 1:12506699/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCTTCGGGt > 1:36731837/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTCTGGt > 1:25584662/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCGTCTGGt > 1:32325132/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCAGCAACCATCTGGt > 1:31032847/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCCCACCCATCTGGTGc > 1:29370006/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:14567660/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCTTCTGGt > 1:20991132/1‑66 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCGTCTggggg > 1:35576960/1‑65 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCCCAGCAACCCTCTGGTGc > 1:12275957/1‑68 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCAACCTTgtggtgg > 1:34942216/1‑67 (MQ=255) ccTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCACGCAGCAACCTTCTGGt > 1:12888290/1‑66 (MQ=255) tGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTg < 1:24909727/68‑1 (MQ=255) gCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTgg < 1:5675608/68‑1 (MQ=255) 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cTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGgcgggcgcggg < 1:19637038/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:6433227/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:36992426/68‑1 (MQ=255) tAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTCCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCa < 1:34298745/68‑1 (MQ=255) aTGAGAAACACCTCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAAGCTTCTGGCGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:30069344/68‑1 (MQ=37) aTGACACACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:8907506/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACCGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:16876863/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:18839905/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:2171512/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:33989730/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22141536/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:20434985/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:22779671/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:11961137/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:23984665/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:10857902/68‑1 (MQ=255) aTGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGt < 1:15813310/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCCGCCACCGTGTGGTGGGGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:35180890/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCCCAGCCACCATCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:28537361/1‑68 (MQ=38) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg < 1:30821284/68‑1 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:2713471/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCACCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTg > 1:15539347/1‑68 (MQ=255) tGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCAGCAACCGTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAggg > 1:13203764/1‑66 (MQ=39) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:9331342/68‑1 (MQ=255) gACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTgg < 1:26954094/68‑1 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCCCCCGTCGGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTggg > 1:19049078/1‑67 (MQ=25) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGGAGTGGt > 1:15279010/1‑68 (MQ=38) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGt > 1:13976564/1‑68 (MQ=255) aCAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGt > 1:10978168/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:33349461/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCGGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:20706207/1‑68 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCCCGCCGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:10221308/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCCACCTTCTGGTGCTGGGGGGCGCGGGCAGTGGTTAg > 1:4904409/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:15918493/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAg > 1:19891364/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACCCCCCAACCTTGGGGTGCAGGCGGGCGCGGGCCGTGGTTAg > 1:17186243/1‑67 (MQ=255) aCAGCGCGAAGCGGTGGCCGCCCCCCGCAGCAACCGTCTGGTGCTGGGGGGCGGGGGCAGTGGTAAg > 1:7906393/1‑67 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:10013257/68‑1 (MQ=255) gcgAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgcgc < 1:6831248/68‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGt < 1:5432074/68‑1 (MQ=255) gAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGt < 1:21826098/68‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:4496849/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:28959340/67‑1 (MQ=255) aGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTa < 1:27366499/67‑1 (MQ=255) cGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGAcgc < 1:33731539/60‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:22512913/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:13505822/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACt < 1:31944603/66‑1 (MQ=255) ggTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:24626310/68‑1 (MQ=255) actgcCCGCGCCACGCAGCACCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTgg < 1:9474096‑M1/63‑1 (MQ=255) tGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGt < 1:31302991/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:7526814‑M1/67‑1 (MQ=255) CCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCa < 1:28080872‑M1/67‑1 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:24261350‑M1/1‑67 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCAt > 1:17386665‑M1/1‑67 (MQ=255) CGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATc > 1:17775595‑M1/1‑68 (MQ=255) GCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCg > 1:36248154‑M1/1‑68 (MQ=255) GCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGt > 1:21460751‑M1/1‑67 (MQ=255) ccccGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTa > 1:11343437/4‑67 (MQ=255) aCGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCg < 1:34655601/68‑1 (MQ=255) caACCTGCTGGGGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:20081061/68‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTg < 1:16252375/65‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGtt < 1:9824838/68‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:6189143/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:23577551/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:26566194/67‑1 (MQ=255) aaCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGt < 1:27637537/67‑1 (MQ=255) aCCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtg > 1:6663092/1‑68 (MQ=255) ccTTCTGGTGCTGGCGGGCTCGGCAAGTGGTAAGACGCGCCTACTGGTGCATCGTAACCCATAGTtga > 1:11702612/1‑68 (MQ=255) cTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtgat > 1:1798738/1‑68 (MQ=255) cTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTtgat > 1:18328542/1‑68 (MQ=255) | GTTTCTTACCTGCTCGACAGCCTTAATGACAAACAGCGCGAAGCGGTGGCCGCGCCACGCAGCAACCTTCTGGTGCTGGCGGGCGCGGGCAGTGGTAAGACGCGCGTACTGGTGCATCGTATCGCCTGGTTGAT > CP009273/3991349‑3991482 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |