| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,176,299 | A→G | 25.9% | N341S (AAC→AGC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,176,299 | 0 | A | G | 25.9% | 1656.0 / inf | 858 | N341S (AAC→AGC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (283/352); new base G (100/122); total (384/474) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 906 total aligned reads displayed.
TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCT > CP009273/4176232‑4176365 | tCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGaa < 1:1848513/68‑1 (MQ=255) aCAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTg < 1:24360831/68‑1 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACATGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGc > 1:28985528/1‑68 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:32826177/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:25949986/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:32480766/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:3992079/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:22641489/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCt > 1:6221375/1‑66 (MQ=255) cAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGc > 1:8045431/1‑68 (MQ=255) cAAGCGTCCTCAGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCt > 1:9130234/1‑66 (MQ=255) gCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg > 1:21341114/1‑68 (MQ=255) gCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg > 1:25700417/1‑68 (MQ=255) cGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCgg > 1:24170321/1‑68 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCg < 1:2974076/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCg < 1:6510485/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCg < 1:6954683/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGt > 1:30381457/1‑68 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg < 1:14808739/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCg < 1:19236089/66‑1 (MQ=255) gTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGt < 1:7615874/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCgt < 1:5665295/68‑1 (MQ=255) tGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCgt < 1:10850596/68‑1 (MQ=255) aaTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCgtgt < 1:26369947/67‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:35441023/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:12426592/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:5884231/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:3012910/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:2549895/68‑1 (MQ=255) aTCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg < 1:17020826/68‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg > 1:20857654/1‑67 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTACGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGa < 1:34121747/68‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTGCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGa < 1:11791040/68‑1 (MQ=255) tCTTTGGCCGAAATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTATGCGTGTTGa < 1:4823061/68‑1 (MQ=255) cTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTg > 1:1280971/1‑66 (MQ=255) tttGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGact < 1:22333085/68‑1 (MQ=255) ttGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGact > 1:8831606/1‑67 (MQ=255) tGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactac < 1:29981980/68‑1 (MQ=255) tGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactac < 1:18030842/68‑1 (MQ=255) gCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGactact > 1:21573556/1‑67 (MQ=255) cGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGCCTACTCCg > 1:8484740/1‑68 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTTGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:31136396/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:25122017/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:23359633/68‑1 (MQ=255) tGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:14456638/68‑1 (MQ=255) tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGCTGACTACTCCGGTCGt > 1:26793696/1‑65 (MQ=255) tCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTc < 1:34454740/67‑1 (MQ=255) aaaGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGt < 1:34773232/68‑1 (MQ=255) tggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa < 1:4529846/67‑1 (MQ=255) aGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGt < 1:17666952/61‑1 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:16375949/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:11482373/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:31893255/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:13367746/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:1367276/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:23817633/1‑67 (MQ=255) ggTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTaa > 1:18824995/1‑67 (MQ=255) aaaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAc < 1:10487127/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCTTTTCCGTCAGAGACTGCGCGGTAAGCGTGGTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:35742068/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:27961228/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:7256096/68‑1 (MQ=255) aaCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCAcc < 1:10039724/68‑1 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCCCCg > 1:12126298/1‑68 (MQ=255) aCAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCg > 1:16689538/1‑68 (MQ=255) cAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGt > 1:36413075/1‑68 (MQ=255) cAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGt > 1:27577393/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCTGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:13870152/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:33227163/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:33392125/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:30799669/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:20384207/1‑68 (MQ=255) aGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCGCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTa > 1:30602127/1‑68 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:24826887/1‑67 (MQ=255) gTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAgg > 1:3755956/1‑67 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:29406940/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:36924795/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAGCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:1731307/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:15524100/67‑1 (MQ=255) tCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGt < 1:36613514/67‑1 (MQ=255) 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aCCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCt < 1:10695/67‑1 (MQ=255) | TCTAACAAGCGTCCTCTGAAATCTTTGGCCGACATGATCAAAGGTAAACAGGGTCGTTTCCGTCAGAACCTGCTCGGTAAGCGTGTTGACTACTCCGGTCGTTCTGTAATCACCGTAGGTCCATACCTGCGTCT > CP009273/4176232‑4176365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |