| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,264,304 | G→T | 6.4% | L84L (CTG→CTT) | ssb → | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,264,304 | 0 | G | T | 6.4% | 2512.1 / 108.2 | 701 | L84L (CTG→CTT) | ssb | single‑stranded DNA‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (234/421); new base T (6/39); total (241/460) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.77e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
Only 100 of 715 total aligned reads displayed.
CAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGTTG > CP009273/4264238‑4264371 | aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGc < 1:25049042/67‑1 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:21969705/1‑68 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTCCg > 1:23109547/1‑68 (MQ=255) aaaCTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGGTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCg > 1:13139234/1‑68 (MQ=255) cTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAc < 1:11530271/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:21445640/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:11320540/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:20637896/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:3409914/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:7405610/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:26689224/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:25322467/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGCTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:26105946/68‑1 (MQ=255) tGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTAAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTAcc < 1:12177132/68‑1 (MQ=255) cAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGt > 1:6665288/1‑68 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGt < 1:19201970/66‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGt < 1:16700189/66‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGt < 1:7160517/66‑1 (MQ=255) ggAAGTGGCAGGTGAATGTCTGCGCAAGGGCGCGCAGGTCTACATCGAAGGTCAGCTTCGCACCCGTa < 1:32522367/67‑1 (MQ=255) 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tCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCg > 1:17856196/1‑68 (MQ=255) tCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCg > 1:10593782/1‑68 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:30931160/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:29293811/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:27242113/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:4673440/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:5059901/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:5693256/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:17653053/68‑1 (MQ=255) cTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCgg < 1:13841845/68‑1 (MQ=255) 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tctcAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCt < 1:21038057/67‑1 (MQ=255) tctcAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCt > 1:31093361/1‑67 (MQ=255) tctcAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCt < 1:36642298/67‑1 (MQ=255) tcacAGGTTTATATCGAAGGGCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCt < 1:7586905/64‑1 (MQ=255) aGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc > 1:22141701/1‑68 (MQ=255) ggTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc > 1:4143712/1‑67 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcaccac < 1:14301914/67‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc < 1:32251492/65‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc < 1:9043156/65‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc < 1:15503149/65‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc < 1:34595325/65‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTAcacc < 1:19812107/65‑1 (MQ=255) tttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACcaca > 1:15172856/1‑68 (MQ=255) ttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACcaca < 1:8302481/67‑1 (MQ=255) ttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAg > 1:4510700/1‑68 (MQ=255) ttATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAg > 1:33326162/1‑68 (MQ=255) atatCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGaa < 1:26456699/68‑1 (MQ=255) tatCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg < 1:29915493/68‑1 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:16200649/1‑67 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:18482802/1‑67 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:202072/1‑67 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:30534535/1‑67 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:29017025/1‑67 (MQ=255) atCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAg > 1:25778173/1‑67 (MQ=255) gAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCgt < 1:13408802/68‑1 (MQ=255) aGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCgtg < 1:24359325/67‑1 (MQ=255) tGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAAc < 1:35594241/65‑1 (MQ=255) tGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGtt > 1:1276124/1‑68 (MQ=255) tGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGtt > 1:24837247/1‑68 (MQ=255) tGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGtt > 1:9460378/1‑68 (MQ=255) gCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGTTg < 1:7907573/68‑1 (MQ=255) | CAAACTGGCAGAAGTGGCGAGCGAATATCTGCGTAAAGGTTCTCAGGTTTATATCGAAGGTCAGCTGCGTACCCGTAAATGGACCGATCAATCCGGTCAGGATCGCTACACCACAGAAGTCGTGGTGAACGTTG > CP009273/4264238‑4264371 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |