Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 151,734 | 0 | A | C | 30.4% | 120.0 / 24.4 | 79 | V166V (GTT→GTG) | yadL | putative fimbrial protein YadL |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/19); new base C (0/24); total (36/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAA > NC_000913/151586‑151878 | tGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATaaa > 1:2595463/1‑150 (MQ=255) gTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGa > 1:591749/1‑150 (MQ=255) tGGTATGCATATTTAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGAAAATGTGGCTGGTGCAGAAAAATTACCCGCAGTGACATTTTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGAc < 2:227910/150‑1 (MQ=255) tGGGATGCATATATAGTTCCTTAATCTGTAAGTCTTTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACTTTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGAc < 2:227811/150‑1 (MQ=255) tGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGAc > 1:258617/1‑150 (MQ=255) gATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGc > 1:2860986/1‑150 (MQ=255) gaatatatAGTTCCTTAATCTTTAAGTATGTTTTTTATAGTTTACTTTAAATGGGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCTGTGAATTTTTTTACGTTTTTTTTTTTTT‑CCACTACCCGGGGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCAtt < 2:1324585/148‑1 (MQ=255) ataGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAAATTACCCGCACTGACATGGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCATGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCAATGGCTGc > 2:1659568/1‑150 (MQ=255) ttCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTTTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTg < 2:2208388/150‑1 (MQ=255) tCCTTAATCTTTAAGTCTGTTATTTATCGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCATAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCCCGACCAGGCGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTgg < 2:1084109/150‑1 (MQ=255) tCCTTAATCTGTAATTCTTTTTTTTATCGTTTACTGTAAAGGTGGCTGGTGCATAAAACTTACCCGCAGTCACTTTGTTTCCGGTTTTATTTTTTA‑CCACCACCAGGCGTGCACTCAGCGTAAAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTgg < 2:1084095/150‑1 (MQ=255) tCCTGAATCTTTACGTCTGTTAGTTATCGGTTACTTTAAATGTGGCTGGTGCTGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCCGGCGTGCACTCATCGGATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTgg < 2:2564262/150‑1 (MQ=255) tGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGgaga > 1:1559919/1‑150 (MQ=255) 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ttaTAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCt > 2:1061586/1‑150 (MQ=255) atcggTTACTGTAAATGTGGCTGGTGAATAAAACTTCCCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTgg < 2:1941656/147‑1 (MQ=255) ataGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGTTTTTATTTTTTT‑CCACGACCCGGCGTGCACTCATCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTgg < 2:1743879/150‑1 (MQ=255) ttggTTACTTTAATGGGGGCTGGTGCACAAAACTTACCCGCTGTGAATTTTTTTACGGTTTTATTTTTTC‑CCACCACCCGGCGTGCACTCATGGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGgt < 1:1549896/148‑1 (MQ=255) taGGTTACTTTAATTGTGGCTGGTGCAGAAAACTTCCCCGCAGTGACTTTGTTTAGGTTTTTATTTTTTC‑CCCCGACCAGGGGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGgt < 1:855382/150‑1 (MQ=255) tgtttACTGTAATTGGGGCGGGTGCACAAAACTAACCCGCAGTGACTTTGTTTAGGTTTTTATTTTTGT‑CCCCGCCCCGGCGTGCACCCAGCGTATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGgtg < 1:1356614/147‑1 (MQ=255) ttACTGTAAATGTGGCTGTTGCATAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGTTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTa < 2:1984355/150‑1 (MQ=255) ctttAATTGTGGCTGGTGCATAAAACTTACCCGCATTGACATTGTTTACGTTTTTATTTTTTC‑CCCCCACCAGGCGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTacac < 1:939419/147‑1 (MQ=255) ctttAAATGTGGCTGGGGCATAAAACTTCCCCGCTGTGACTTTGTTTACGTTTTTATTTTTTT‑CCACGACCCGGCGTGCACTCATCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTacac < 2:466221/147‑1 (MQ=255) cTGTAATTGTGGCGGGTGCATAAAACTTACCCGCAGTGACTTTTTTTACGTTTTTATTTTTTA‑CCACGACCTGGCGTGCACTCATCGTTTAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTacac < 1:2701155/150‑1 (MQ=255) tGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTAcaca > 2:2377925/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGTTGTTACACAg > 2:1720823/1‑150 (MQ=255) gTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAg > 1:2561168/1‑150 (MQ=255) aaTGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTa > 2:2126997/1‑150 (MQ=255) tgtgGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGTATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTaaa < 2:2052358/150‑1 (MQ=255) 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actttttttACGGTTTTATTTTTTC‑CCACGACCCGGCGTGCACTCATCGTATAAAACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa < 1:2513687/144‑1 (MQ=255) actttGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACa < 2:2894402/147‑1 (MQ=255) aatttttttCCGTTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCCCTCCCTGTTGCCGGAGTTACa < 2:382006/144‑1 (MQ=255) cATTGTTTACGTTTTTATTTTTTT‑CCCCGACCTGGCGTGCACTCATCGTATAATACACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAg < 1:2332103/150‑1 (MQ=255) aTTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGt > 2:540067/1‑150 (MQ=255) 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TGAGTGGGATGCATATATAGTTCCTGAATCTGTAAGTCTGTTAGTTATAGGTTACTGTAAATGTGGCTGGTGCAGAAAACTTACCCGCAGTGACATTGTTTACGGTTTTATTTTTTT‑CCACGACCAGGCGTGCACTCATCGGATAATAAACGACCGCATTGGCTGCAGTGGAGATTGTTACCTCTTGTGATGCTGGTGTTACACAGCTAAATTGTGTTGCACTCCCTGTTGCCGGAGTTACAGTGCTCCAGACTTCAACGGCGACAGCACTTGCTTTATCTGCGGCTGTGGAA > NC_000913/151586‑151878 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |