Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,720,364 | 0 | G | T | 23.4% | 152.7 / 15.2 | 64 | intergenic (+21/+26) | slyB/slyA | outer membrane lipoprotein SlyB/DNA‑binding transcriptional dual regulator SlyA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/16); new base T (0/15); total (33/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.88e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
CTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCT > NC_000913/1720215‑1720513 | cTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAgg > 2:2154710/1‑150 (MQ=255) ggAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGtt > 2:731480/1‑150 (MQ=255) gAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTa > 1:940437/1‑150 (MQ=255) gAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTa < 2:208104/150‑1 (MQ=255) aaaTTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTAc > 1:2845673/1‑150 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAc < 1:157962/150‑1 (MQ=255) tCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGAc < 2:928896/150‑1 (MQ=255) tAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac > 2:2937477/1‑150 (MQ=255) tAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac < 2:677277/150‑1 (MQ=255) tAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac < 2:2571929/150‑1 (MQ=255) ccaccatgATGGTATTACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACcac > 1:2555780/8‑150 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACCAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACcaca < 2:1297656/150‑1 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACcaca < 2:1297600/150‑1 (MQ=255) aaaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACcaca < 2:1297060/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACCacac < 1:1917936/150‑1 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCacac > 1:2068537/1‑150 (MQ=255) aaGACGATGGTAATACCAACATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGTAACCTGACCacac < 2:2932681/150‑1 (MQ=255) gACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGc > 2:1284963/1‑150 (MQ=255) 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gtggtAAACAAACAAGCCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCAAAGGTGTGTTACTGCCCAGCAAG‑GGCTGTCTGGTGACCTTTTCACCGCGATAATTATGTTTGCGTTTGTTCAGTTTACTGACCCCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTgg < 2:42902/150‑1 (MQ=255) aCAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGt > 1:97414/1‑150 (MQ=255) aCAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGt > 1:1296651/1‑150 (MQ=255) aGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTaa > 2:973339/1‑150 (MQ=255) aaaCAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACt > 1:661831/1‑150 (MQ=255) 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ccGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCATT‑GGCAGTCTGGTGACCGTTTCTCCGCGATAAATATGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTg < 2:2695079/150‑1 (MQ=255) ccGGGCCAACGTGTCGGACGGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTACTCCGCGCTAAATCAGTGTGCGTGTGGTCAGTTTACTGACCTCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGCTATTAGGCTCAAGTTTTg < 2:2460521/150‑1 (MQ=255) gcaatggtgtCTTAGTGGCCAGAATG‑GGCATTCTGGTCACGGTTTCTCCGCGATAATTATTTTGGGTTGTGGTCTGGTTACGCACCCCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGAt < 1:2139087/144‑1 (MQ=255) cAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGa > 1:578239/1‑150 (MQ=255) aCGTGTCGTCCTGGCCAGCATG‑GGCAGTCCGGTGCCCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGc < 2:940437/150‑1 (MQ=255) gTACTGGCAAGCAAT‑GGCTGTCTGGTGACCTTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCTGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCa < 2:1535616/150‑1 (MQ=255) cTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGtt > 1:1466578/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCt > 2:1976768/1‑150 (MQ=255) gCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCt > 1:444594/1‑150 (MQ=255) gCAAG‑GGCCGTCAGGGGACCGTTACCCCGCGCTAAATAATTTTGCGTGTGGCCAGTTTACTCCCCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAg < 2:1138812/150‑1 (MQ=255) 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gCGTGTGGTCAGTTTACTGACCCCACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTg < 2:740686/150‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTCAGTTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTg < 2:740351/150‑1 (MQ=255) gTCTGGTTATGGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTtaataa < 1:938851/150‑1 (MQ=255) cAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACa < 2:2421740/150‑1 (MQ=255) cAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACa < 2:2421696/150‑1 (MQ=255) aGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAg > 1:570427/1‑150 (MQ=255) aGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAg > 1:570433/1‑150 (MQ=255) ggTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGc < 2:1466578/150‑1 (MQ=255) gTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCt > 1:2819188/1‑150 (MQ=255) gTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCt > 2:1622536/1‑150 (MQ=255) | CTGGAAATTCGTAAAGACGATGGTAATACCATCATGGTGGTACAGAAACAAGGCAACACTCGTTTCTCTCCGGGCCAACGTGTCGTACTGGCCAGCAAT‑GGCAGTCAGGTGACCGTTTCTCCGCGCTAAATAAGTTTGCGTGTGGTCAGGTTACTGACCACACGCCCCCTTCATTTCACCCTTTGGCCTGTAACTCAATGATATTATGCTCAAGTTTTGCGATGAGCGTAATCAGTTGCTCCAGTTCCTCTGCGGAGATGCCATGTAATATTTCCGCGCGGGTTTTGTTAATAACAGCT > NC_000913/1720215‑1720513 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |