Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,639,269 | 0 | C | G | 23.2% | 298.9 / 23.2 | 116 | E5D (GAG→GAC) | yfgM | ancillary SecYEG translocon subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/72); new base G (26/0); total (44/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AGAGAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAGTAACGTGCGCAAATGCGCGGCTACGCTATCCTGCGCAACTGCCGTTTGCTCACCAGAGCGCAAATCCTTCACTACTGCTGTGCCGTTAGCCACTTCAGACTCACCCAG > NC_000913/2639120‑2639417 | agagAAGCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTtc < 2:2178989/150‑1 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCTAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaa < 1:506721/150‑1 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaa > 2:640076/1‑150 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTaa < 1:506683/150‑1 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTGGTTGTCGTaa > 1:694727/1‑150 (MQ=255) gCGGAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTCGGTGTCGTaa > 2:206627/1‑150 (MQ=255) gAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCTCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAAtt < 2:1964482/150‑1 (MQ=255) gAGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAAtt < 2:429115/150‑1 (MQ=255) agagTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAACTCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAAttt < 1:880775/147‑1 (MQ=255) aGCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAAttt < 1:2081073/150‑1 (MQ=255) gCGTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTc < 1:1816678/150‑1 (MQ=255) gTGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCa < 1:1915814/150‑1 (MQ=255) tGCAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTAGTTGTCGTAAAattaccc > 2:1030129/1‑146 (MQ=255) cAGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGc < 2:2131502/150‑1 (MQ=255) aGAATCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCt < 1:977225/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTGGTTGTCGGAAAATTACAAGcggggc > 1:1093866/1‑145 (MQ=255) ccTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGtccttct < 1:892868/150‑1 (MQ=255) cTGATGGCTGTTCCAGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTACACGCTGtccatctc > 2:1877003/1‑150 (MQ=255) 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aGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTCTCGTAAATTTCCACGCTGTCCTTCTCCTTCCTTAACCCAg < 1:1357824/150‑1 (MQ=255) aGTAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTAGTTATCGTAAATTTACAAGCAGTCCATCTACATCCTTAAACCAg > 2:1773630/1‑150 (MQ=255) tAGCGCCAGCCAATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTCGTTCTCGGAAATTTACACGCTGTCCATCTCCTTCCTTAAACCAGTa > 2:1173339/1‑150 (MQ=255) gccaATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTGTTCGTTCTCGTAAATTTACACGCTGTCCATCTACTTACTTAAACCAGTAACGTgcgc > 2:1104409/1‑150 (MQ=255) ccaATCAGTGCGCCAACGCCCAAAATCACCCCAACAGCCAGTGCTTTGCCATTTTCAGCAAAAAAGCGTTTAACCGCTTCTACCTGGTCGTTTTCGTTGTCGTAAATTTACACGCTGTCCTTATCCATACTTAAACCAGTAACGTGCGCa > 2:2352243/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |