| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5542054 | 63 (1.280) | 15 (0.390) | 12/202 | 2.6 | 21.8% | intergenic (+34/+69) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
| ? | NC_002947 | = 5542076 | 58 (1.500) | intergenic (+56/+47) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin | |||||
GGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5541931‑5542218 | gggCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattc > 1:459667‑M2/1‑146 (MQ=255) gCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgc > 1:51876‑M2/1‑144 (MQ=255) gCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGAACAAGCACAAGCGC‑GAA‑GTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAGTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgc < 1:592640‑M2/150‑7 (MQ=255) aGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgg > 1:132032‑M2/1‑142 (MQ=255) tGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacc > 2:650519‑M2/1‑135 (MQ=255) ccAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgc > 2:840246‑M2/1‑132 (MQ=255) gACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGTGCACAACCTGCACCTAG‑‑CCGAGAGAGCGGGCCGGCATGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTc > 1:349739/1‑150 (MQ=16) atcatcGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTACACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACAGACGCATTCGTGGGTAAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc > 1:57227/1‑150 (MQ=255) tggCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGcc > 2:1110361/3‑150 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGc < 2:1261255/142‑1 (MQ=255) tcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGc > 1:1261255/1‑142 (MQ=255) ccACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaac > 1:159694‑M2/1‑106 (MQ=255) ccACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaac < 2:159694‑M2/120‑15 (MQ=255) cTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcagg < 1:601089‑M2/129‑28 (MQ=255) cTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcagg > 2:601089‑M2/1‑102 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt < 1:1245585/144‑1 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGAt > 2:1245585/1‑144 (MQ=255) gCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTg > 2:1250177/1‑150 (MQ=255) cAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcagg > 2:735449‑M2/1‑96 (MQ=255) cAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcagg < 1:735449‑M2/123‑28 (MQ=255) cAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGACGGAGCGTGTTAACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGAATTCGCGGGTGAACCCGATCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGGTTACTTGa > 2:178208/1‑150 (MQ=255) gACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGGCAGCATTTGATTACTTGACGa < 2:114592/150‑1 (MQ=255) cAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGAc > 1:141921/1‑150 (MQ=255) aaggagc‑gAA‑CGGCAGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt < 1:178902/131‑1 (MQ=255) aaggagc‑gAA‑CGGCAGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACtt > 2:178902/6‑136 (MQ=255) aaggagc‑gAA‑CGGCAGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc > 2:219194/6‑150 (MQ=255) aaGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGcc > 2:231822/1‑150 (MQ=255) aGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCt < 2:572448/150‑1 (MQ=255) gc‑gAA‑CTGCCGTTCGCCTGTTTTTAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTtc < 2:880068/150‑1 (MQ=38) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc > 1:331350/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCatcatc > 2:799065/1‑150 (MQ=255) ttCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcct < 1:695657‑M2/90‑23 (MQ=255) ttCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcct > 2:695657‑M2/1‑68 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAt < 2:1282180/121‑1 (MQ=255) tCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGAt > 1:1282180/1‑121 (MQ=255) cTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGccc > 1:830567/1‑150 (MQ=255) tGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCgg < 2:968726/150‑1 (MQ=255) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc > 2:849587/1‑92 (MQ=255) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGcc < 1:849587/92‑1 (MQ=255) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCgaga > 2:104392/1‑139 (MQ=255) gATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCgaga < 1:104392/139‑1 (MQ=255) aTAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa < 2:343948/95‑1 (MQ=255) aTAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCa > 1:343948/1‑95 (MQ=255) 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ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 2:115105/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGCGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccac > 1:652922/1‑150 (MQ=255) cgcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCaccacc < 1:115105/150‑1 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtggacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgc > 1:998089‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaagga > 1:1012349‑M2/1‑28 (MQ=255) gcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaagga < 2:1012349‑M2/69‑42 (MQ=255) aaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgc < 1:97832‑M2/100‑76 (MQ=255) aaTACGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgc > 2:97832‑M2/1‑25 (MQ=255) aTACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcaccagatcgga > 2:736710/1‑143 (MQ=255) cGAGGGTGAACCCACCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccatgca > 2:227816‑M2/1‑21 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc > 2:509071/1‑86 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGc < 1:509071/86‑1 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAg > 1:1215949/1‑150 (MQ=255) ggTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCtt < 1:50196/150‑1 (MQ=255) cacgcaCGCACTCGCGCGTCAACTCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt < 2:331350/145‑1 (MQ=255) aCCGACGCattcgcgggtgaacccgctcctgcaggccacttatcaaggagcgaacggcagttcgcgcttgtgctgggtcttgcggtaggtggcgacgatgatgtcgaacgctgcctggtcaaccggctgcccatgcaggaaggcatcgat > 2:873780‑M2/1‑8 (MQ=255) | GGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGC‑GAA‑CTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTC > NC_002947/5541931‑5542218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |