| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,746,234 | 2 bp→CT | intergenic (+476/+275) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,746,234 | 0 | A | C | 82.6% | 52.7 / 4.8 | 24 | intergenic (+476/+276) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (3/1); new base C (6/13); total (9/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
| * | NC_002947 | 4,746,235 | 0 | C | T | 82.6% | 47.3 / 4.2 | 24 | intergenic (+477/+275) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base T (6/13); total (9/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCG > NC_002947/4746104‑4746348 || gTCAGGCTGCCCTCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATAACGCCGACGTCCACTAACATCTC‑TAGTGAACTGGGTATGCTTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TTCGACTTGCATTCGTGaatccag < 1:293033/150‑6 (MQ=255)gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGaatccag > 1:26071/1‑145 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCg < 1:228321/150‑1 (MQ=255) cctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGt < 2:725165/150‑1 (MQ=255) tAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgcg > 2:421672/1‑150 (MQ=255) gtgCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTc < 1:598979/150‑1 (MQ=255) aCG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa < 1:1215019/146‑1 (MQ=255) aCG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 2:1215019/1‑146 (MQ=255) tCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGAGTATAGGTTCAGCTCTTGTCAACTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGa < 2:393540/150‑1 (MQ=255) aCCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTTCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATc < 1:128221/150‑1 (MQ=255) ggCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACg < 1:1082396/150‑1 (MQ=255) tGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGcc < 1:629897/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 1:421672/150‑1 (MQ=255) ggTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCtt < 1:246421/150‑1 (MQ=255) aGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACt > 2:907672/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTAC‑GCCTGG‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa < 1:1037922/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc > 1:1028962/1‑150 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg > 2:935254/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa < 2:1108901/135‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa < 2:1108446/135‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa > 1:1108901/1‑135 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGC‑ACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa > 1:1108446/1‑135 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAG‑CTTCT‑GCGACT‑TGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca < 1:217107/118‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAG‑CA‑GCTTC‑TGCGACTTGCATTCGTGAA‑TCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTcaca > 2:217107/1‑118 (MQ=255) || GTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACG‑CGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AA‑CCTCC‑GCCAAC‑TGCATTCGTGAA‑CCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCG > NC_002947/4746104‑4746348 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |