New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1446649 | NA (NA) | 333 (0.880) | 126/284 | 1.7 | 99.7% | intergenic (+37/+395) | PP_1260/ghrB | transposase/2‑ketoaldonate reductase/hydroxypyruvate/glyoxylate reductase |
? | NC_002947 | 1849440 = | 1 (0.000) | coding (345/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GGCTTATGTTGAACAAGGTCTTGAGGAGTTCGAAACCAGAAGCCAAGACCGGCAGGTCCGGGCTTTGCTTCGCAAAGCCCGGAAACTGGGGTATCAACTGGTGGCCGCTTGAGTGCTTAGAAAACAATGGGTTGCATTTTGTTTGATGAgag‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1446501‑1446649 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAGGCG > NC_002947/1849440‑1849591 GGCTTATGTTGAACAAGGTCTTGAGGAGTTCGAAACCAGAAGCCAAGACCGGCAGGTCCGGGCGTTGCTTCGCAAAGCCCGGAAACTGGGGTATCAACTGGTGGCCGCGTGAGTGCTTAGAAAACAAAGGGTTGGATTTTGTTTGATGAG > 2:6012698/1‑150 GCTTATGTTGAACATGGTCTTGAGGAGTTCGAAACCAGAAGCCAAGACCGGCTGGTCCGGGCTTTGCTTCGCAAAGCCCGGAAACTGGGGTATCAACTGGTGGCCGCTTGAGTGCTTAGAAAACAATGGGTTGCATTTTGTTTGATGAGA < 1:3504278/150‑1 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TTGCATTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAAT > 2:2602346/1‑150 TTGCATTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAG < 1:2715429/81‑1 TGCATTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATT < 2:2892384/150‑1 CATTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCT > 2:2186252/1‑150 ATTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTC > 2:1238427/1‑150 TTTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCT > 1:4668846/1‑150 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2:5564857/150‑1 TTTGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGCCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTC > 2:1061184/1‑150 TGTTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCA < 1:1603780/150‑1 TTTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGT > 1:8246301/1‑150 TTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTT < 2:3180296/150‑1 TTGATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTT < 2:4429709/150‑1 GATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGC < 1:3886129/150‑1 GATGAGAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGCGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGC < 2:1475115/150‑1 GGCTTATGTTGAACAAGGTCTTGAGGAGTTCGAAACCAGAAGCCAAGACCGGCAGGTCCGGGCTTTGCTTCGCAAAGCCCGGAAACTGGGGTATCAACTGGTGGCCGCTTGAGTGCTTAGAAAACAATGGGTTGCATTTTGTTTGATGAgag‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_002947/1446501‑1446649 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GAGTTGGGTGCCGGTACCGCCGCTGGGCGGCAGATTGAGCATGCTCGGGCCGGCGTGGGCCAGGCGCGTGCGGTCCGGGGCCAGAAACGCCACTGCGCGCACATCGGCCTGCTCCAGGGTTTGTGCGGCAATTCTCTCCAGTTGCGCAGGCG > NC_002947/1849440‑1849591 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |