| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,549,480 | 0 | C | A | 43.6% | 178.1 / inf | 281 | intergenic (+48/+66) | mdfA/ampG | multidrug MFS transporter/muropeptide permease AmpG |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 | cggctttttGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTacac < 2:6486819/145‑1 (MQ=255) tgcATTTTGCCGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTAcaca < 1:4438727/150‑1 (MQ=39) tgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGGGAACCCCCGCCGacacc > 1:1069936/1‑149 (MQ=255) 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ggcgggGGGGGTGGCGGGGCCTTTGGCGCTGTGGCAACTGTGTTTTGTGGTGGGGGGGCGGCCTGGGCAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggccct < 1:4151822/150‑6 (MQ=25) ggcgggGGGGGGGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggccct < 1:1556682/150‑6 (MQ=38) ggcggcGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGgccgctcctac > 1:689749/1‑147 (MQ=255) ggggggggggggggggggCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:59188/146‑1 (MQ=255) ggggggggggggggggggCGGGGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:3824297/146‑1 (MQ=39) 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tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCATCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:47842/1‑150 (MQ=21) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:767120/1‑150 (MQ=25) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 2:7328479/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4306552/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:3638287/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:8558851/1‑150 (MQ=37) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCACCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGAAGTGCgatca > 1:7733956/1‑150 (MQ=25) acacCGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTA‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag < 1:7586576/150‑1 (MQ=255) acacAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcag > 2:5410806/1‑150 (MQ=255) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGt < 1:5516636/91‑1 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga > 1:6998719/1‑150 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGACACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACGGCAGGGCgctccgga > 2:7579825/1‑150 (MQ=255) caGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATCGCCCTGCAGTGGcatcaggaa < 2:4560480/150‑2 (MQ=38) | CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCG‑CGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTT‑ACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |