Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 4,746,226 | C→T | intergenic (+468/+284) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,746,226 | 0 | C | T | 99.6% | 835.3 / NA | 233 | intergenic (+468/+284) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (112/120); total (112/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AG‑AACCTCCGCCAAC‑TGCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTG > NC_002947/4746099‑4746360 | gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAAGTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 2:4404064/1‑145 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 1:1159410/1‑145 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccag > 1:3934265/1‑145 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGaatccagg < 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aTCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGcccc > 1:1484881/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCg < 1:1583417/150‑1 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCg > 1:8033929/1‑150 (MQ=255) ccGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCgg < 2:3697447/150‑1 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:4593872/150‑1 (MQ=255) 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tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACg > 2:7856876/1‑150 (MQ=255) cctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGt < 1:4338090/150‑1 (MQ=255) ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtc < 2:6391375/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc < 2:2741773/150‑1 (MQ=255) ttGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc > 2:7026274/1‑150 (MQ=255) 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cagcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc > 2:7396197/1‑150 (MQ=255) agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc < 1:5856433/150‑1 (MQ=255) caCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCtt > 2:6007035/1‑150 (MQ=255) ggAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGCGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGc > 2:2974424/1‑150 (MQ=255) cACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcg < 1:2985524/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa < 1:2211933/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:4438320/150‑1 (MQ=255) gCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCt < 2:1328157/137‑1 (MQ=255) gCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCt > 1:1328837/1‑137 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 2:4824598/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCgg > 1:2473652/1‑150 (MQ=255) tGGTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGcc > 1:7293144/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:2550587/1‑150 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 2:3121963/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 1:6687772/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg > 2:1748051/1‑136 (MQ=255) ttCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:1319358/132‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt < 1:7999317/150‑1 (MQ=255) ttCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt > 1:3505223/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTTG‑AGCAGCTTCTGCGACT‑TGCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt > 1:42699/1‑150 (MQ=255) | TACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTG‑AG‑AACCTCCGCCAAC‑TGCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTG > NC_002947/4746099‑4746360 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |