| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 476,133 | A→T | Q141L (CAG→CTG) | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,133 | 0 | A | T | 99.7% | 1290.8 / NA | 359 | Q141L (CAG→CTG) | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (156/202); minor base G (0/1); total (156/203) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CTTCCTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCAGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATCGCGCGTCTGGCCGAGCAAG > NC_002947/475986‑476279 | ttCCTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCt < 2:223216/150‑1 (MQ=255) ttCCTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTGTGTTGGTGTCCGGTGGACATACCCTGCt > 2:7690386/1‑150 (MQ=255) gcgcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTc < 1:1346965/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |