| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5518264 | 181 (0.760) | 30 (0.150) | 19/242 | 12.9 | 17.9% | intergenic (+45/‑109) | urtD/urtE | ABC transporter ATP‑binding protein/ABC transporter ATP‑binding protein |
| ? | NC_002947 | = 5518320 | 127 (0.650) | intergenic (+101/‑53) | urtD/urtE | ABC transporter ATP‑binding protein/ABC transporter ATP‑binding protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GACCATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATCCCTTTCAGGAACTCTCACATGCTCAAGATCGACACCCTGCACCAGTACTACGGCGGC > NC_002947/5518118‑5518411 | cATGTGACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGt < 2:3580373/150‑1 (MQ=255) tgtgACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTc < 1:4017546/150‑1 (MQ=255) gtgACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTcc > 2:5165163/1‑150 (MQ=255) gtgACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTAGCGGGTTACCCCGTTcg > 1:5217758/1‑149 (MQ=255) tgACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCt < 1:1238236/150‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTa < 2:4291724/150‑1 (MQ=255) gACCGTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTa < 2:657407/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGt < 1:3309059/150‑1 (MQ=255) tgctgcACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTg < 2:4868009/150‑1 (MQ=255) gctgcACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTgg < 1:607631/150‑1 (MQ=255) gcACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCg < 2:4755730/150‑1 (MQ=255) gcACCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCg < 1:3970223/150‑1 (MQ=255) aCCAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGc < 2:2479228/147‑1 (MQ=255) ccAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTaa < 1:1477540/150‑1 (MQ=255) cAGGGGAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAAt < 1:4947395/150‑1 (MQ=255) gAGTGTGCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCACGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCAt < 1:1756615/150‑1 (MQ=255) tgCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTaa < 2:2494293/139‑1 (MQ=255) tgCTGGCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTaa > 1:2494293/1‑139 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTc < 1:3980191/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTc < 2:669813/150‑1 (MQ=255) gCGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTc < 2:3146125/150‑1 (MQ=255) cGGAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTcc < 2:3134685/150‑1 (MQ=255) ggAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTTGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTccc > 2:4016821/1‑150 (MQ=255) ggAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGGTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTccc > 2:226889/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcg > 2:1219665/1‑150 (MQ=255) gAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcg < 1:2120842/150‑1 (MQ=255) gAAGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcg > 2:4271830/1‑150 (MQ=255) aGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtc < 2:3853819/150‑1 (MQ=255) aGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtc < 2:2214093/150‑1 (MQ=255) aGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtc < 1:4884068/150‑1 (MQ=255) aGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtc < 1:3460611/150‑1 (MQ=255) aGGCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtc < 1:3169931/150‑1 (MQ=255) ggCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtcg < 1:4187046/150‑1 (MQ=255) ggCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtcg < 2:150121/150‑1 (MQ=255) gCTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCcgtcgt < 1:1268959/150‑1 (MQ=255) cTCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTa < 2:1710713/150‑1 (MQ=255) tCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCGCGTGGCGGGTGACCCCGGTCCGACCGGGGGCGGACTGCCCTGGGGCGGGTGCcgtcgggg > 1:800048/1‑147 (MQ=255) tCGCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCGCGGCGCGGGGTACCCCCGTCCTACAGGGGGCGGTATGGCAGGGGGGGGTTGCcgggggag > 1:1193849/1‑144 (MQ=255) gCTGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGGTCCTACAGGGGGCGGAATGCCAGGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGa > 2:690711/1‑150 (MQ=255) tGGAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGc < 2:2542047/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACCGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGGTCCCGTCGGAGGAGCgg > 2:2981228/1‑150 (MQ=255) gAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCgg < 2:4102261/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCgg < 1:1626398/150‑1 (MQ=255) aGCAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCggg < 1:5048982/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGtt < 2:352654/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGtt < 1:1212323/150‑1 (MQ=255) ggTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTa < 2:1732313/150‑1 (MQ=255) gTGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCGTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAc < 1:2708327/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 1:943414/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:732155/150‑1 (MQ=255) tGCAGGCAGATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAcc < 2:5206451/150‑1 (MQ=255) gcaggcagATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:789591/150‑1 (MQ=255) gcaggcagATGAGCGGGTGGTCGAGGTGTATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCCTGGGGCGGTTCCCGTCGGAGGAGCGGGTTTAccc > 2:1099583/1‑150 (MQ=255) 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tgtATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCACGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGTGGTTACCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACAGCa > 2:3025652/1‑150 (MQ=255) tctCTGCGCGGCTGTCGGTATTTTATTTTTGGGCGCCTGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTTACCCGTTTCCTACTGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTGTTAGGAGCGGGTTTACCCGCGATGAGGCCTGCACAGGCACAGCATc < 2:4486623/148‑1 (MQ=255) tATCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGGGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATc < 2:1646456/150‑1 (MQ=255) tCTGGGCCGCTGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTACAGTGGGCGTAATGCCATGGGGCGGTTCCCGTCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATccc > 2:3821630/1‑150 (MQ=255) tCTGGGCCGCGGACCGGATTTGAATTTTTGGCGCCGGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAACCCCGTTCCTCCCGTGGGCGTACTGCCATGGGGCGGTTCCCGTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCACAGCATccc < 2:4404435/150‑1 (MQ=38) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |