| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_002947 | 1,560,509 | C→T | G99D (GGC→GAC) | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 1,560,509 | 0 | C | T | 99.4% | 1886.0 / NA | 540 | G99D (GGC→GAC) | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); major base T (287/247); minor base G (3/0); total (291/249) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 548 total aligned reads displayed.
AAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCGCGCAGC > NC_002947/1560362‑1560655 | aaaCAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCt < 1:2806868/150‑1 (MQ=255) aCAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCttt < 1:1445037/150‑1 (MQ=255) aaaaaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTgg > 2:9647071/1‑150 (MQ=255) 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aaTGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGAGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGACTTTGGTTTCGATCACtt > 2:9018710/1‑150 (MQ=255) ccGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGt > 2:4529011/1‑150 (MQ=255) cGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGtt > 1:1751102/1‑150 (MQ=255) tttttGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCg > 1:9347620/1‑150 (MQ=255) tgttgtGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGtt > 2:9168804/1‑150 (MQ=255) 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AAACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCGCGCAGC > NC_002947/1560362‑1560655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |