| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,445,476 | T→C | intergenic (+141/‑398) | PP_3935 → / → PP_3938 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,445,476 | 0 | T | C | 99.7% | 1069.8 / NA | 303 | intergenic (+141/‑398) | PP_3935/PP_3938 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (162/140); minor base G (1/0); total (163/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
AGTTGAACTCAGCTTGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGATACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATACATGAAGTTTCAAAACACGCCT > NC_002947/4445330‑4445622 | aaCTCAGCTTGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGTCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTAc > 2:6239835/1‑150 (MQ=255) aaCTCAGCTTGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTAc < 1:4784271/150‑1 (MQ=255) aCTCAGCTTGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACa < 1:3688157/150‑1 (MQ=255) ttGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAg > 2:2384701/1‑150 (MQ=255) gAATTGTGCCAATAATACCAATCAGAATTGTCAGCAGCAGAAAACCACCAAGGAACAGCGACATCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGTCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTAt < 2:3381586/150‑1 (MQ=255) gAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGACTGGTCAGCAGCAGACAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTCCAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTAt < 2:6091500/150‑1 (MQ=255) aaTGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATg < 1:7669891/150‑1 (MQ=255) gTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑aaa < 1:930665/150‑1 (MQ=255) gTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCAGTGGAACCTCTACAGGTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑aaa > 1:4253480/1‑150 (MQ=255) gCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑aaaaa < 1:3379007/150‑1 (MQ=255) ccAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑aaaaaa > 1:4970954/1‑150 (MQ=255) ccAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑aaaaaa > 1:3935717/1‑150 (MQ=255) cAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑ataaaaa < 2:4970954/150‑1 (MQ=255) aaGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTa > 1:5255883/1‑125 (MQ=255) aaGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAg > 2:2560266/1‑150 (MQ=255) aaGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAg > 1:7952525/1‑150 (MQ=255) aGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGc < 2:7152174/150‑1 (MQ=255) tACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGAt > 2:3289926/1‑150 (MQ=255) 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tGTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATACATGAAGt < 2:2140314/150‑1 (MQ=255) gTCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATa < 1:1470862/141‑1 (MQ=255) tCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGc < 2:5513000/132‑1 (MQ=255) tCGAGCTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATACAt < 2:5393678/143‑1 (MQ=255) cTTGGGCTGACACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATACATGAAGTTTCaaaa < 1:7567165/150‑1 (MQ=255) 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AGTTGAACTCAGCTTGGCGGAATGGTGCCAAGAATACCAATCAGAATGGTCAGCAGCAGAAAACCACCCAGGAACAGCGCCAGCTTGCCCATTGGAACCTCTACAGTTGTGATGCGGGAATGGGCATATTGTCGAGCTTGGGCTGATACGGTTACAGATTCAGGTTTATGG‑AAAAAAAGCGGATCAGATGTGATGCGCAGATGCCGCCGAGCTGGATGCAGCCGCAGTGGTTGACGCTGAGCACGTGTCGCTCGCGGGCCGGCAATTGATACATGAAGTTTCAAAACACGCCT > NC_002947/4445330‑4445622 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |