Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_002947 | 1,560,509 | C→T | G99D (GGC→GAC) | PP_1366 ← | transcriptional regulator MvaT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,560,509 | 0 | C | T | 99.8% | 1425.7 / NA | 398 | G99D (GGC→GAC) | PP_1366 | transcriptional regulator MvaT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (214/183); minor base A (1/0); total (215/183) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
AACAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGCCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCGCGCAGC > NC_002947/1560363‑1560655 | aaCAAAAACGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCtt > 2:435711/1‑150 (MQ=255) aaCAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGAAATTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCtt < 2:1392012/150‑1 (MQ=255) aCAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCttt < 2:3116634/150‑1 (MQ=255) cAAAAACGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTg > 1:1252364/1‑150 (MQ=255) cAAAAACGCCGGCAATGTGCCGGCGTATTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTg < 1:3592502/150‑1 (MQ=255) aaaatCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGGATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGATTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTgg > 2:4954205/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGtt > 1:4948924/1‑150 (MQ=255) aaCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGttt < 1:7884391/150‑1 (MQ=255) aCGCCGGCACATTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCACCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCGTGTGGTTGCCGTCTTTgtgccg > 2:3890296/1‑145 (MQ=255) aCGCCGGCACAGTGCCGGCGTTTTTTTTTTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCGTTGGTTTc > 2:904959/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTTCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTTGGTTc > 1:7156828/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTc < 1:4103725/150‑1 (MQ=255) ccGGCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGAt < 1:1724430/150‑1 (MQ=255) ggCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCa > 2:17344/1‑150 (MQ=255) ggCAATGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGGTTCGATCa > 1:3409853/1‑150 (MQ=255) aTGTGCCGGCGTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTc < 1:7976649/150‑1 (MQ=255) gattttGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGc < 2:5706001/148‑1 (MQ=255) gTTTTTGTTGTGCGAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGc < 1:5957335/150‑1 (MQ=255) 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gAAGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCGTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTGTGGTTTCGATCACTTCACCGGTGTGCGGGTGCTTGGAtt > 1:6333316/1‑150 (MQ=255) aGCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGc > 2:4728737/1‑150 (MQ=255) gCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCt < 2:6773806/150‑1 (MQ=255) gCAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCt < 1:3995251/150‑1 (MQ=255) cAAGAGGGCGTATGCGGATAATCAGTCCAGCAGGGTTGCCCAGCTTTCAACCACGTCGCCGCCCCAAGTGGCTTTCCACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCtt < 2:4206720/150‑1 (MQ=255) 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ccACTCTGTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATc < 1:1617422/150‑1 (MQ=255) cACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTc > 2:7725050/1‑138 (MQ=255) cACTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTc < 1:7725600/138‑1 (MQ=255) aCTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTa > 2:6522369/1‑101 (MQ=255) aCTCTTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGa < 1:3065709/150‑1 (MQ=255) ctctTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACGTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAg < 2:7844624/150‑1 (MQ=255) tctTTCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGc > 1:1017957/1‑150 (MQ=255) ctTTCAGGGTCTGGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTCTTGCTTGAGCTTGCGTGCGGGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCTCGCGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCa < 2:6099616/150‑1 (MQ=255) tttCAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAg > 2:218032/1‑150 (MQ=255) cAGGGTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGc < 2:7164833/150‑1 (MQ=255) ggTCTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAAt < 2:1608724/150‑1 (MQ=255) cTTGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAg < 1:954414/138‑1 (MQ=255) ttGTGGTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACg > 2:3303286/1‑150 (MQ=255) gTTGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTcgcg > 1:262522/1‑150 (MQ=255) ttGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCgcgc > 1:3274357/1‑150 (MQ=255) tGCCGTCTTTGGTTTCGATCACTTCACCGTTGTGCGGGTTCTTGTATTGCTTGACCTTGCGTGCGCGCTTGGTGACGGTAGTCTTGACCGAACCACGAGGTGCCTTGCTCAGTTTCGACTCTGGATCGAGCAGGGCAATCACGTCGCGCa < 1:4291707/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |