| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,746,222 | +C | intergenic (+464/+288) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,746,222 | 1 | . | C | 96.5% | 582.0 / 12.7 | 172 | intergenic (+464/+288) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/4); new base C (72/94); total (74/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCT‑CCGCCAAC‑T‑GCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4746074‑4746361 | aGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagc > 1:2960450/1‑149 (MQ=255) tAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTgagcagc > 1:3572928/1‑146 (MQ=255) gTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTg > 1:4895450/1‑150 (MQ=255) gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcc < 2:333306/150‑4 (MQ=255) gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcc < 1:4820885/150‑4 (MQ=255) ggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca > 2:2796885/1‑146 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag > 2:6200609/1‑145 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag < 1:6059062/150‑6 (MQ=255) tCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccagg < 1:3262946/150‑7 (MQ=255) tGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAgg > 2:1543289/1‑150 (MQ=255) aTCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGcccc > 1:3817557/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCg > 1:3011582/1‑150 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:6975329/150‑1 (MQ=255) cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa < 2:3547060/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac > 2:2466829/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac < 1:444677/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac < 2:848766/150‑1 (MQ=255) tcctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACg > 1:5507845/1‑150 (MQ=255) 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ttGATGGTCGTAAAGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcc > 2:1565023/1‑150 (MQ=255) gATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc > 1:4495959/1‑150 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:4479996/1‑150 (MQ=255) cGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAg < 1:2124379/150‑1 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc > 2:1987198/1‑150 (MQ=255) ctgcgcagcaCGGAATCACGCGGCCGCACCCGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCATCGTGCTTGAG‑CCGCT‑TCTGCGAC‑TCGCATTCGAGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 2:1307711/146‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 2:2033755/150‑1 (MQ=255) cagcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAc < 2:6006157/150‑1 (MQ=255) agcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGAcc > 2:4459593/1‑150 (MQ=255) gcaCGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCt > 2:92726/1‑150 (MQ=255) 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gTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTg < 2:469287/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGTGCAGCGT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:1920989/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:3397749/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:763525/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:6097980/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:871472/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:3708398/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:4671709/150‑1 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 1:6112223/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAccc < 1:994524/150‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 2:962593/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 2:4380446/81‑1 (MQ=255) ctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGc < 2:2694836/150‑1 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 1:4350757/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 2:3885990/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:149785/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAcc > 1:2977460/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 1:4388933/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTc > 1:2829647/1‑150 (MQ=255) ttCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACt > 1:6250422/1‑150 (MQ=255) cGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCTGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 2:1204447/150‑1 (MQ=255) cGTGCTTGAG‑CAGCT‑TCTGCGACTT‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGa < 1:3125067/150‑1 (MQ=255) | AGGTAAGTCGGCTCTTCTTTCAGGTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCT‑CCGCCAAC‑T‑GCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4746074‑4746361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |