New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 744925 = | NA (NA) | 361 (1.190) | 158/284 | 0.1 | 94.0% | intergenic (‑587/+44) | PP_0636/PP_0637 | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein/transposase |
? | NC_002947 | 1015813 = | 23 (0.080) | intergenic (‑40/‑728) | SBRG_Ecoli_galE/prfC | SBRG_Ecoli_galE/peptide chain release factor 3 |
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TTACTGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGCCGTTTTTTATGCGCGATTAAGTGATTATAAAACAGAGGGTTTATGAATGATTGCGCTTTTTATCTGAAAAAAGACGCGGTTTCA > NC_002947/1015664‑1015962 | tatacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttac < 2:6757299‑M2/1‑1 (MQ=255) tatacgtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttac > 1:618596‑M2/150‑150 (MQ=255) acgtggcgcagccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccacctggtggtaggtggggttcatggatcggttaCATa > 2:3700965‑M2/147‑150 (MQ=255) tGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATaa > 2:1464565/1‑150 (MQ=255) tGTTACAGAGGTTATCAAGAATGATGACATCATGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATaa > 1:6569106/1‑150 (MQ=255) gtggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAAc > 2:4945765‑M2/145‑150 (MQ=255) ggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACaa > 1:3233817‑M2/143‑150 (MQ=255) ggctgcgccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACaa < 1:5755674‑M2/8‑1 (MQ=255) 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tggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAgtgt > 2:2825879‑M2/128‑150 (MQ=255) actgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATgg > 1:1619781‑M2/121‑150 (MQ=255) gccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAAt > 1:4030111‑M2/118‑150 (MQ=255) atcatGACCGTTTTGCAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATAACAAAGtaagggatccatcatccccacat < 1:6060953‑M2/150‑24 (MQ=255) gcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATaaa < 2:1282426‑M2/36‑1 (MQ=255) 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cctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGt < 1:4921990‑M2/41‑1 (MQ=255) atcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtgtggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGaa < 1:238011‑M2/45‑1 (MQ=255) cggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATc < 1:5865784‑M2/47‑1 (MQ=255) cAGTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATAACAAAGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacct < 2:4552629‑M2/150‑39 (MQ=255) gTAATTGCACACAGGTATGACTTCCAATGTGACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATAACAAAGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctga < 2:6461971‑M2/150‑41 (MQ=255) gcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTa > 1:203049‑M2/99‑150 (MQ=255) agactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTaca < 1:3518824‑M2/54‑1 (MQ=255) tacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAg > 2:1693381‑M2/93‑150 (MQ=255) gTATGACTTCCAATGTAACCGCTACCACCGGTAACCAGAACTCTCATAATTCGCTCCATTAGGCTTATGGTATGAAATAACCATAGCATAACAAAGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtg < 1:5644288‑M2/150‑55 (MQ=255) ctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttaCATAACAAAGATGCGAAAAGTGTGACATGGAATAAATTAGTGGAATCGTTTACACAAGAATTTAGcc > 1:3157262‑M2/84‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |