| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,746,232 | C→G | intergenic (+474/+278) | gltA → / ← yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,746,232 | 0 | C | G | 97.7% | 593.1 / 2.2 | 172 | intergenic (+474/+278) | gltA/yeiW | citrate synthase/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/4); new base G (74/94); total (74/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
GTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑AACCT‑CCGCCAAC‑T‑GCATTCGTGAACCAAGCAACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCACCTCACTGA > NC_002947/4746097‑4746361 | gTTACGGGTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTg > 1:4895450/1‑150 (MQ=255) gggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcc < 1:4820885/150‑4 (MQ=255) ggTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatcca > 2:2796897/1‑146 (MQ=255) gTCAGGCTGCCATCCGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGaatccag < 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cGCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGa < 1:2832267/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac < 1:444677/150‑1 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac > 2:2466829/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGac < 2:848766/150‑1 (MQ=255) ctTGATGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtc > 1:4205016/1‑150 (MQ=255) 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aTGGTCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGtcctc > 1:889616/1‑149 (MQ=255) tCGTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:4479996/1‑150 (MQ=255) gTAATGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAgc > 2:1987198/1‑150 (MQ=255) ctgcgcagcaCGGAATCACGCGGCCGCACCCGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCATCGTGCTTGAG‑CCGCT‑TCTGCGAC‑TCGCATTCGAGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 2:1307711/146‑1 (MQ=255) aTGTGCAGCACGGAATCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGcc < 2:2033755/150‑1 (MQ=255) 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aaTCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAG‑CAGCTACTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCa > 2:6814934/1‑150 (MQ=255) tCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGccc > 1:3975121/1‑112 (MQ=255) tCACGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgc < 1:550025/150‑1 (MQ=255) aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:2746591/1‑150 (MQ=255) aCGCGGCGTCACCGGCCATGGCGTATTGAACTGGGTATAGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAgcgg > 1:2241785/1‑150 (MQ=255) 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ataGGTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTa > 2:763525/1‑150 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGTGCAGCGT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 2:1920989/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:3119108/150‑1 (MQ=255) ggTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACtt < 1:941933/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:3367349/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 1:763525/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTg < 2:6097980/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGa > 2:2963445/1‑150 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:871472/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:4671709/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:4671667/150‑1 (MQ=255) cAGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAc < 1:3708398/150‑1 (MQ=255) aGCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAcc > 1:6112223/1‑150 (MQ=255) gCTCTGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGAccc < 1:994524/150‑1 (MQ=255) ctctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCg < 2:962593/150‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa < 2:4380446/81‑1 (MQ=255) tctGGTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCa > 1:4380446/1‑81 (MQ=255) ggTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCa < 1:4350757/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 2:3885990/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc < 2:3572928/150‑1 (MQ=255) gTCACCTTCGTGCTTGAGCAGCTT‑CTGCGACT‑T‑GCATTCGTGAATCCAGGCACAGGCCCCGGACACGTCCTCCTGCAGCGCCTCGACCTTGGCCAGCGGCGCCTTGATCACGGTCACACCGCGATAGGCCTTGTACTTGGACCCGGCCAc > 1:149785/1‑150 (MQ=255) 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NC_002947/4746097‑4746361 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |