| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.29e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 | tgcATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGACGGGGCTGTAGCTCGAGAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCGTCGCGGGTGTACCCCCACCGacacc > 1:7013113/1‑149 (MQ=255) gcATTTTGCCGGGGGGGGGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAg < 2:5364021/150‑1 (MQ=255) tttttGCCGGGGGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCTGGGGCCGCGGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAggg < 1:3573711/149‑1 (MQ=38) ttttGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCGCGGCGCGGGGGAAACCGCGCCCACACACGgc > 2:2578265/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAAAGCggcgcggc > 1:405651/1‑148 (MQ=37) gggggggggTGGGGGGGGCTTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGTTAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACATGGCCGCGCCGCttt < 1:1017090/146‑1 (MQ=39) cggcggGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:2426366/150‑1 (MQ=255) cggcggGGGGGGCGGGGGCGTGGGCGCGGGGGCCGCTGTGGTTTGTGGGGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCttt < 2:8679373/150‑1 (MQ=39) 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1:5172988/1‑150 (MQ=25) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGt > 1:8856483/1‑94 (MQ=17) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCt < 2:4304563/130‑1 (MQ=25) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCa < 1:8195806/137‑1 (MQ=37) cTACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatc > 2:3922766/1‑150 (MQ=37) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCCGGCa > 2:6812723/1‑60 (MQ=17) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGa < 1:4041307/131‑1 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:4409822/1‑150 (MQ=255) tACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatca > 1:1814314/1‑150 (MQ=255) tACAAAGCGGCGCGGCCCTGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcc > 2:7273916/1‑149 (MQ=37) cacaGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagg > 1:6212281/1‑150 (MQ=255) acaGGGCCGCGCCGCTTGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGTGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCgatcagga < 2:1498209/150‑1 (MQ=255) caGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATCGCCCTGCAGTGGcatcaggaa < 2:7385697/150‑2 (MQ=38) | CTGCATTTTGCCCTGGCGGCGGGGGTGGCGGGGGCGTTGGCGCTGTGGCCGCTGTGGTTTGTGGTGGGTGGGCGGCCTGGGGAAGGGGCTGTAGCTCGATAATCGGTATTGCCGGGGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGCCGCGCCGCTTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCAGCACAGGCAATACAAAGCTTCAGGGCCGCTCAGCCACCGAGTGGTCGTCCGCCACCGGCGTCCCCCGCCCGGCTTCCTGATGCCACTGCAGGGCGATCAGGAT > NC_002947/1549331‑1549629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |