| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,165,540 | C→T | L133F (CTC→TTC) | gtsC → | mannose/glucose ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,165,540 | 0 | C | T | 99.4% | 1274.5 / NA | 361 | L133F (CTC→TTC) | gtsC | mannose/glucose ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (184/174); minor base G (1/1); total (186/175) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 361 total aligned reads displayed.
GCGGTGCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCCTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGACGGTGCC > NC_002947/1165393‑1165686 | gcgGTGCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTc < 2:2123707/150‑1 (MQ=255)gcgGTGCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTc < 2:1027786/150‑1 (MQ=255) cgGTGCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCg < 2:3087532/150‑1 (MQ=255) gCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCaa < 1:3849247/150‑1 (MQ=255) tGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGc > 2:4999937/1‑150 (MQ=255) gATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCt < 2:9184157/150‑1 (MQ=255) tctcCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtg < 1:9367956/150‑1 (MQ=255) tctcCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtg < 1:2848662/150‑1 (MQ=255) ctcCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtgg < 2:8996703/150‑1 (MQ=255) tcCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtggc < 1:8556340/150‑1 (MQ=255) aCCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtggcctg > 2:5430919/1‑150 (MQ=255) aCCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtggcctg > 2:2650769/1‑150 (MQ=255) cgcgATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCATACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGAAAGCTtggcctggc > 2:808131/1‑150 (MQ=255) cgcgATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTtggcctggc < 1:5745406/150‑1 (MQ=255) aTTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGt < 2:2271585/150‑1 (MQ=255) tGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTAc < 2:6545914/150‑1 (MQ=255) gTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGCTGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCa < 2:1562935/150‑1 (MQ=255) cACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTc > 1:9117886/1‑122 (MQ=255) cACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACtg < 2:1443085/150‑1 (MQ=255) tGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACtggtg > 1:6682917/1‑150 (MQ=255) gAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACtggtgg > 2:3560031/1‑150 (MQ=255) ggCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCctg > 1:8117248/1‑150 (MQ=255) ggCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCctg < 1:3820487/150‑1 (MQ=255) 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gTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGTCTGGTGCTGGTGCa > 2:3314918/1‑150 (MQ=255) tCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCAt < 2:3608843/150‑1 (MQ=255) cGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCAtg > 2:1058219/1‑150 (MQ=255) gATGTGGCGCTTAAGATGTTCGCAACTGTTCTTCGGCGTGCTGCGGTGCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTGCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCCtgt > 2:3985209/1‑150 (MQ=255) gcTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACg > 2:4892392/1‑150 (MQ=255) 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ttCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGttc < 1:1314405/117‑1 (MQ=255) cAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTg > 2:3868028/1‑150 (MQ=255) aGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTgg < 1:1119069/150‑1 (MQ=255) aGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTgg > 2:613028/1‑150 (MQ=255) gACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGt < 1:2130337/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCaa < 1:613028/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCaa < 1:1451675/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCCTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCaa > 1:7149940/1‑150 (MQ=255) gTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAg > 2:2739222/1‑150 (MQ=255) gTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAg > 2:3142046/1‑150 (MQ=255) ctgcCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCcgcg > 1:8371091/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACggcct > 1:4229853/1‑81 (MQ=255) ccGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCgg > 2:6620639/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCgg > 1:6359013/1‑150 (MQ=255) ccGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCgg < 2:7888227/150‑1 (MQ=255) cGGCCTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGt < 1:7587086/150‑1 (MQ=255) cTCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGa > 1:4199998/1‑150 (MQ=255) tCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGAc < 2:2890811/150‑1 (MQ=255) tCGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCATCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGAc > 1:7757368/1‑150 (MQ=255) cGTTCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGACg > 2:7137187/1‑150 (MQ=255) ttCACCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGACCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGACGGt > 2:7240216/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGACGGTGcc > 1:3758621/1‑150 (MQ=255) | GCGGTGCTGATCTCCACCGCGATTGGTGCACTGAACGGCTATGTGCTGTCGATGTGGCGCTTCCGAGGTTCGCAACTGTTCTTCGGCCTGCTGCTGTTCGGCTGTTTCCTGCCGTTCCAGACCGTGCTGCTGCCGGCCTCGTTCACCCTCGGCAAGCTTGGCCTGGCCAGTACCACTGGTGGCCTGGTGCTGGTGCATGTGGTCTACGGCCTGGCCTTCACCACGCTGTTCTTCCGCAACTTCTACGTGAGCATCCCCGACGCGCTGGTCAAGGCCGCGCGGTTGGACGGTGCC > NC_002947/1165393‑1165686 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |