| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 3,827,929 | C→A | V28F (GTC→TTC) | ptxS ← | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,827,929 | 0 | C | A | 98.3% | 418.3 / ‑2.1 | 117 | V28F (GTC→TTC) | ptxS | 2‑ketogluconate utilization repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (49/66); total (49/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCAATACAGC > NC_002947/3827796‑3828061 | aGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAgg > 2:2224029/1‑136 (MQ=255) tCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTg > 2:175990/1‑136 (MQ=255) cgcgTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTgg > 2:2692954/1‑136 (MQ=255) tCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCttt > 1:3007180/1‑136 (MQ=255) tCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCttt < 2:1968793/136‑1 (MQ=255) tCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCttt < 1:590641/136‑1 (MQ=255) cTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTg < 2:1482049/136‑1 (MQ=255) ggCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCATTTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGa < 2:2127791/136‑1 (MQ=255) cgcTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCCGCCAATGGCGCTCGCCACCGATGTAACCGGAGAAGGTGGCTTTGGAACCGc > 2:1473269/1‑136 (MQ=255) tttAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAg < 2:2823684/136‑1 (MQ=255) ttAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGc > 1:1790931/1‑136 (MQ=255) tAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCa < 1:3044079/136‑1 (MQ=255) gCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAaca < 1:2893020/136‑1 (MQ=255) ggcgTGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGTTGACCTGTTCGAGCCGCTTGGCCGTTGCTTCGGCCAGCAATTGGCTGTCGCCACCTATGTAACGGGAGAAGGTTGCTTTGGAAACGCCAGCAACAcg < 2:2822177/135‑1 (MQ=255) cgcgAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACAcg < 1:1327636/136‑1 (MQ=255) gAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACgcgc < 1:2176860/136‑1 (MQ=255) gAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACgcgc < 1:1465017/136‑1 (MQ=255) aGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGcc < 1:1053505/136‑1 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGccc > 1:157156/1‑135 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGccc > 1:2574648/1‑135 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCa > 2:156038/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCa > 1:2052799/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCa > 2:773400/1‑136 (MQ=255) gCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCa > 1:1725045/1‑136 (MQ=255) ttgtGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCTATGACCTCTTCGAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 2:75194/133‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 1:1686656/135‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 2:2203593/136‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 1:716814/136‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 2:3079310/136‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 1:328664/136‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 2:2052799/136‑1 (MQ=255) aTCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 1:2805681/136‑1 (MQ=255) ggTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACt > 2:2307018/1‑136 (MQ=255) ggCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGt < 1:395630/136‑1 (MQ=255) aTAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGAcc > 2:1813759/1‑136 (MQ=255) tAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGAccc < 1:2969976/136‑1 (MQ=255) gCCTAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCTGCAATTGGCGGTCGCCACCGTTGTAACTGGAGAAGGTGGCTTTGGAATCGCCAGCATCACGCGCCACTTCTCTGATGGTGACCCGt < 1:759120/136‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGTAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGt < 1:1267129/136‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGt < 2:2781197/136‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGt < 1:1084306/136‑1 (MQ=255) gCCGAGGCGTGCGATGACCTCTTCCACCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCGTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGt < 2:2524647/136‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGtt < 2:2782933/136‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGtt > 1:2962698/1‑136 (MQ=255) ccGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACATCACTGATGGTGACCCGtt > 2:2126614/1‑136 (MQ=255) cGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 2:347968/117‑1 (MQ=255) cGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt > 1:347968/1‑117 (MQ=255) ggCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTcgcg < 1:1398555/136‑1 (MQ=255) ggCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTcgcg < 2:2621557/136‑1 (MQ=255) gCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCgg > 2:1111269/1‑136 (MQ=255) cGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACtt < 1:2364263/112‑1 (MQ=255) cGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCggg > 2:1572247/1‑136 (MQ=255) cGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGAAGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCggg > 2:2646925/1‑136 (MQ=255) 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AGTCGCGTCTGGCCGCGCTTTAGGCCGCGAGCCATCTGGTTGGGGCGATAGCCGAGGCGTTCGATGACCTCTTCCAGCCGCTTGGCCGTGGCTTCGGCCAGCAATTGGCGGTCGCCACCGATGTAACGGGAGACGGTGGCTTTGGAAACGCCAGCAACACGCGCCACTTCACTGATGGTGACCCGTTCGCGGGTATGGGCAGGCGCGTCGGTCATGGGTTTTCCTTATGATTGTTTTAATAGTGATGAAACCGGTTTCAATACAGC > NC_002947/3827796‑3828061 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |