New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3936797 = | 25 (1.500) | 4 (0.240) | 4/282 | 1.6 | 16.4% | coding (582/1911 nt) | PP_3467 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3936825 = | 16 (0.970) | coding (554/1911 nt) | PP_3467 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCCAACAGGCCGTGCCAGGCACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAACGGGCTGAGGCGGTCGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCA > NC_002947/3936651‑3936942 | gCCAACAGGCCGTGCCAGGCACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGcc > 2:385139/1‑150 (MQ=255) tgttggCCGTGCCAGGCACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATc > 2:151675/5‑150 (MQ=255) cAGGCACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCgg < 1:151675/150‑1 (MQ=255) cACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGa > 2:85177/1‑150 (MQ=255) cTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATg < 2:192796/150‑1 (MQ=255) cTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATg < 1:252603/150‑1 (MQ=255) cgaaggccggccgacgctgatcaactgcggcgaacattacctcgaccgcttcagcccgttctcctgcacatccgtcccgctgcgcgacccgcgcggcgaggtgatcggcgtgctCGCCATCACCCCTTc < 2:308662‑M1/15‑1 (MQ=255) cgaaggccggccgacgctgatcaactgcggcgaacattacctcgaccgcttcagcccgttctcctgcacatccgtcccgctgcgcgacccgcgcggcgaggtgatcggcgtgctCGCCATCACCCCTTc > 1:308662‑M1/115‑129 (MQ=255) cTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGcc < 1:150299/150‑1 (MQ=255) cTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGcc < 1:150295/150‑1 (MQ=255) cTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGCCGGCTTGCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACCGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTcg > 1:221640/1‑150 (MQ=255) gCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCggg < 1:85177/150‑1 (MQ=255) cAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTc < 2:345259/150‑1 (MQ=255) cACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCACACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTcgcg < 1:362094/150‑1 (MQ=255) cAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc < 1:151858/114‑1 (MQ=255) cAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc > 2:151858/1‑114 (MQ=255) cAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc > 2:151862/1‑114 (MQ=255) cAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc < 1:151862/114‑1 (MQ=255) aCTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCg > 2:53178/1‑150 (MQ=255) aCTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCg > 2:306898/1‑150 (MQ=255) cGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTc > 1:217302/1‑93 (MQ=255) cGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTc < 2:217302/93‑1 (MQ=255) ccAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAAc > 1:199033/1‑150 (MQ=255) ccAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAAc > 1:6082/1‑150 (MQ=255) aCAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAACGGGc > 1:34183/1‑150 (MQ=255) cctgcacatccgtcccgctgcgcgacccgcgcggcgaggtgatcggcgtgctCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc > 2:230141‑M1/53‑79 (MQ=255) cctgcacatccgtcccgctgcgcgacccgcgcggcgaggtgatcggcgtgctCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTc < 1:230141‑M1/27‑1 (MQ=255) cTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAACGGGCTGAGGCGGTCGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTc > 1:27637/1‑150 (MQ=255) gTTGCGCCGTCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAACGGGCTGAGGCGGTCGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCa > 2:229019/1‑150 (MQ=255) | GCCAACAGGCCGTGCCAGGCACTGTTGAGGTACTGCGGGCGGCTGTGGAAGGCCAGCACCAACTGGTCCGGGTGGCACAGGCCAAACAGGCGGCTTTCAATGTTGCCCGCCGCCAGCATCAGGGTCGACAGGCTGTCCTGCGGTTGCGCCATCACCCCTTCGCGGGTGATGTCGAGCACGCCGATCACCTCGCCGCGCGGGTCGCGCAGCGGGACGGATGTGCAGGAGAACGGGCTGAGGCGGTCGAGGTAATGTTCGCCGCAGTTGATCAGCGTCGGCCGGCCTTCGACCA > NC_002947/3936651‑3936942 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |