| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,842,929 | G→T | P636Q (CCG→CAG) | gacS ← | sensor protein GacS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,842,929 | 0 | G | T | 94.4% | 53.2 / ‑2.8 | 18 | P636Q (CCG→CAG) | gacS | sensor protein GacS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (4/13); total (4/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
CAGGTTGGCGGCATTGTCGTCGACGCAGAGTATTTTCGGTCGTCGCTGGCCGTTGGGGTTGCTCCCCTCGGCCAGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGG > NC_002947/1842796‑1843048 | cagGTTGGCGGCATTGTCGTCGACGCAGAGTATTTTCGGTCGTCGCTGGCCGTTGGGGTGGCTCCCCTCGGCCAGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGc < 2:391646/136‑1 (MQ=255) ctgtttATTTGGGGGCGGCGGTGGCGGTGGGGGTGGCCCCCCGCGGCCCGGGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGt < 2:276783/131‑1 (MQ=255) ttttgCGGGCGGCGCGGGCGGTGGGGGTGCCCCCCCTCGCCCCGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCa < 1:334240/135‑1 (MQ=255) cccacccTGGCCCCGCGCACGGCGAGGATGCACCAGCTCCACCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGCGCAGGGCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGGTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCggtg < 2:45389/132‑1 (MQ=255) ccccccGCCCTGGGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTc < 1:489636/136‑1 (MQ=255) ccccTCGGCCAGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCTGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCa < 1:352724/104‑1 (MQ=255) ccccTCGGCCAGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCTGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCa > 2:352724/1‑104 (MQ=255) ccgcGGCCTGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGGTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCgg < 2:552557/133‑1 (MQ=255) gccgCCCGCGCACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGc < 1:112989/133‑1 (MQ=255) cctgCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAg < 1:141528/133‑1 (MQ=255) gACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTAc > 2:260785/1‑136 (MQ=255) gagAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCAt < 1:367564/134‑1 (MQ=255) gCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCAt < 1:315255/136‑1 (MQ=255) cAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCgg < 1:390341/108‑1 (MQ=255) cAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCgg > 2:390341/1‑108 (MQ=255) gagGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAgctgc < 2:541624/136‑1 (MQ=255) cgccgcAGCTTGCGGGTGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCtgat > 2:363288/1‑136 (MQ=255) cTTGCGGGGGCAGGTCTGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATgg < 1:194070/136‑1 (MQ=255) | CAGGTTGGCGGCATTGTCGTCGACGCAGAGTATTTTCGGTCGTCGCTGGCCGTTGGGGTTGCTCCCCTCGGCCAGCGGACGGCGAGGTTGCACCAGCTCCAGCAAGAGGCGCCGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGG > NC_002947/1842796‑1843048 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |