| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,839,129 | C→A | intergenic (‑116/+67) | sad‑I ← / ← PP_2489 | NAD+‑dependent succinate semialdehyde dehydrogenase/xenobiotic reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,839,129 | 0 | C | A | 88.9% | 20.0 / ‑3.0 | 9 | intergenic (‑116/+67) | sad‑I/PP_2489 | NAD+‑dependent succinate semialdehyde dehydrogenase/xenobiotic reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (6/2); total (6/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
CCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAGGGTGC > NC_002947/2838982‑2839278 | ccGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCgtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggaat > 1:1257478/1‑150 (MQ=255)ccGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCgtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggaat > 1:1257592/1‑150 (MQ=255)ccGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCgtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggcatggtggaat > 2:4770230/1‑150 (MQ=255) 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atggtggcatggtggAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAA‑GGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCaa < 2:3876747/150‑1 (MQ=255) tggtggcatggtggAATGGTGGCATGAATAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGATGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCaa < 1:2181631/150‑1 (MQ=255) gtggcatggtggAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAgg > 1:2810704/1‑150 (MQ=255) gtggcatggtggAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAgg < 1:1379473/150‑1 (MQ=255) gtggcatggtggAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAgg < 1:1181421/150‑1 (MQ=255) 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catggtggAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAGGGTGc < 2:3584886/150‑1 (MQ=255) | CCGTTATAGGGGTTGATAGTGGCGTAAGCCATGTGATTCTCCTACTCGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGCATGGTGGAATGGTGGCATGAAAAGCTCCGGTCTTTCCGTACGTGGTGACAGGGGCTGAAACTCGGATTACTCCACCGGCGTATACCGTTCGAGCCAGTGGGCGTAAGGGGGGGGCAGTACCCATGCGGGGCGCTCGACGCCAAGGGTGC > NC_002947/2838982‑2839278 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |