New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2306946 = | 57 (1.080) | 3 (0.060) | 3/264 | 3.7 | 4.7% | coding (1576/1719 nt) | PP_2028 | TPR repeat‑containing protein |
? | NC_002947 | = 4018882 | 65 (1.230) | coding (818/1410 nt) | PP_3544 | GntR family transcriptional regulator | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGTGCTGGCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGCACC > NC_002947/4018757‑4019017 | ggTGCTGGCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTg > 1:611163/1‑136 (MQ=255) gTGCTGGCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGc < 1:754173/136‑1 (MQ=255) gTGCTGGCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGc < 1:837256/136‑1 (MQ=255) ggCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTg > 1:925252/1‑136 (MQ=255) ggCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTg > 2:1366793/1‑136 (MQ=255) ggCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTg > 1:422634/1‑136 (MQ=255) gcgcAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTgt > 1:1105904/1‑135 (MQ=255) taCCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 1:1150421/135‑1 (MQ=255) taCCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 2:1254766/135‑1 (MQ=255) taCCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGAATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 1:157830/135‑1 (MQ=255) gACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 2:752681/136‑1 (MQ=255) gACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 2:689630/136‑1 (MQ=255) caCCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCTTGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 1:222018/135‑1 (MQ=255) aTGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACgtgt < 2:1345023/136‑1 (MQ=255) aTGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACgtgt < 1:879914/136‑1 (MQ=255) cACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACg < 1:417431/136‑1 (MQ=255) cACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACg < 1:27422/136‑1 (MQ=255) aCCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGc > 1:632339/1‑136 (MQ=255) cccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAATCAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGcc < 1:831982/136‑1 (MQ=255) cccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGcc < 2:234964/136‑1 (MQ=255) cccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGcc < 2:884977/136‑1 (MQ=255) ccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa < 2:1078095/120‑1 (MQ=255) ccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGaa > 1:1078095/1‑120 (MQ=255) ccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCg > 1:180492/1‑136 (MQ=255) ccGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCg > 1:1061968/1‑136 (MQ=255) aGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGta < 1:272632/136‑1 (MQ=255) gCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGtact < 2:925252/136‑1 (MQ=255) tggtgCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGc > 1:618534/1‑136 (MQ=255) tggtgCATGACCAATTTCCAGAACCCAGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGc > 1:226221/1‑136 (MQ=255) ggtgCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCa > 2:665476/1‑136 (MQ=255) ggtgCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCa > 2:151566/1‑136 (MQ=255) gtgCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCaa > 2:626660/1‑136 (MQ=255) tgCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAAc < 1:542189/136‑1 (MQ=255) tCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAAcc > 2:821460/1‑136 (MQ=255) tCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAAcc > 2:111010/1‑136 (MQ=255) cAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCg < 1:306554/136‑1 (MQ=255) gAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGcc < 2:1105904/136‑1 (MQ=255) gAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGcc < 2:632339/136‑1 (MQ=255) aCCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCaa > 1:836361/1‑136 (MQ=255) cccGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGATGGCGCGACATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAg > 2:517108/1‑136 (MQ=255) ggggtgCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCtt < 2:1248898/135‑1 (MQ=255) cAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGacac > 1:362125/1‑136 (MQ=255) aTGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAgg < 1:169808/136‑1 (MQ=255) aTGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAgg < 2:790433/136‑1 (MQ=255) aTGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAgg < 1:151566/136‑1 (MQ=255) aTGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAgg < 1:490555/136‑1 (MQ=255) gCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGc > 2:487840/1‑136 (MQ=255) ccGGAGGCCATGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAATCCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGcc < 2:10770/136‑1 (MQ=255) cAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATg > 1:1329164/1‑136 (MQ=255) aaGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGc > 2:74614/1‑136 (MQ=255) tggAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGc < 2:1087735/136‑1 (MQ=255) tggAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGc < 1:626660/136‑1 (MQ=255) ggAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGcc > 1:256119/1‑136 (MQ=255) ggAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGcc > 1:1361654/1‑136 (MQ=255) ggAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGcc > 2:269341/1‑136 (MQ=255) cTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGcc > 1:953257/1‑136 (MQ=255) cTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGcc > 1:1095089/1‑136 (MQ=255) ggCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTg < 1:665476/136‑1 (MQ=255) ggCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTg < 1:413275/136‑1 (MQ=255) ggCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTg > 1:817749/1‑136 (MQ=255) gcgcgcCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTgg < 1:809454/136‑1 (MQ=255) gcgcCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGcc > 1:267037/1‑135 (MQ=255) gcgcCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGCa > 2:1247862/1‑136 (MQ=255) gcgcCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGCa < 1:821460/136‑1 (MQ=255) gcCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGCAcc < 2:226221/136‑1 (MQ=255) | GGTGCTGGCGCAGACCCTGGAAATGCACCCGGTAAAGGCCGTGTGGTGCATGACCAATTTCCAGAACCCGGTGGGTGCAAGCATGCCGGAGGCCAAGAAACAGGCCATGGTGGAGTTGCTGGCGCGCCATCAGGTGCCGTTGATCGAAGACGACGTGTACGCCGAGCTGTACTACTCGCAACAGGCGCCCAAACCCGCCAAGGCCTTCGACACTCAGGGCCTGGTCATGCACTGCGGCTCGTTCGCCAAAAGCCTGGCACC > NC_002947/4018757‑4019017 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |