| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,749,795 | T→C | T53A (ACA→GCA) | PP_5043 ← | PhoPQ‑activated pathogenicity‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,749,795 | 0 | T | C | 89.7% | 78.0 / 1.3 | 29 | T53A (ACA→GCA) | PP_5043 | PhoPQ‑activated pathogenicity‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (15/11); total (17/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
CCAATGCCACGTCTGGCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGTCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACGGA > NC_002947/5749669‑5749925 | ccAATGCCACGTCTGGCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTc < 2:1010299/136‑1 (MQ=255) aaTGCCACGTCTGGCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCa < 1:451958/136‑1 (MQ=255) cACGTCTGGCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTgg > 2:1316815/1‑136 (MQ=255) ggCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCa > 1:1022597/1‑136 (MQ=255) gACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGtctc > 1:1135486/1‑136 (MQ=255) ggTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCtt < 2:948118/136‑1 (MQ=255) tCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGa > 1:1001713/1‑136 (MQ=255) ggggCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCg > 2:874024/1‑136 (MQ=255) ggggCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCg > 2:620324/1‑136 (MQ=255) caacGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTc < 1:1315777/136‑1 (MQ=255) tgtgAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACg > 2:276822/1‑136 (MQ=255) tgAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGTCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTaca < 1:825301/132‑1 (MQ=255) tgAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGTCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTaca > 2:825301/1‑132 (MQ=255) gAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCct < 2:1135486/136‑1 (MQ=255) gAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCct < 2:336783/136‑1 (MQ=255) ggTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACt > 1:1363657/1‑136 (MQ=255) tataGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGAc > 1:45116/1‑136 (MQ=255) tataGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGAc > 1:278112/1‑136 (MQ=255) tataGCCCTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGAc > 1:168886/1‑136 (MQ=255) ccTGTGCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCgag < 2:1363657/136‑1 (MQ=255) tgtgCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGac < 1:620324/136‑1 (MQ=255) tgtgCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGac < 1:330812/136‑1 (MQ=255) tgCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGacac < 1:276822/136‑1 (MQ=255) gCGGGTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGAAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCACGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGAGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACg > 1:977946/1‑136 (MQ=255) gggTGTCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACGGa > 1:1191452/1‑136 (MQ=255) gggTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCgag > 2:867654/1‑129 (MQ=255) gggTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCgag < 1:867654/129‑1 (MQ=255) gggTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACGGa > 2:709410/1‑136 (MQ=255) gggTGCCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACGGa > 1:910380/1‑136 (MQ=255) | CCAATGCCACGTCTGGCACGAACAGTTCGACGCGGTGCTCCCACAGGCGGGGCTCAACAACGGGCTCAGGCGACCAGGTCTGTGAGGTCATCCGGTATTGATACAGCGTATAGCCCTGTGCGGGTGTCTTCTGCTCCAACTGGTACTGCAAGGGTGCCTGTCTCACCTTCTCGACATGACAGCGGGCTATTTCCTGCGGTCGCAACGCGCTACACGCCTGCTGGGCACTGGCCTGAAAACTGACGGCGAGACACGGA > NC_002947/5749669‑5749925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |