| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 1979270 | NA (NA) | 1526 (17.930) | 284/274 | -0.0 | NA | intergenic (‑55/‑483) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 4235548 | NA (NA) | intergenic (‑2315/‑359) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
Only 100 of 1643 total aligned reads displayed.
GGAAAGCTTGAATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATA > NC_000913_3_bme_pgi/4235397‑4235692 | aaaGCTTGA‑TCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAgg > 1:426566‑M2/1‑149 (MQ=255) gCTTG‑ATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACgattgat < 1:616640/151‑1 (MQ=255) cttgatcatcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACgattgat > 4:126498/5‑150 (MQ=255) tgatcatcgtCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatg > 3:167716‑M2/3‑143 (MQ=255) tgatcatcgtCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCACCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgc < 2:790306‑M2/149‑9 (MQ=255) catcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgc < 4:289763‑M2/150‑12 (MQ=255) atcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgcc > 4:141869‑M2/1‑138 (MQ=255) gATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttac > 1:701374‑M2/1‑132 (MQ=255) atatGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttact > 2:864089‑M2/1‑131 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:646325‑M2/151‑25 (MQ=255) aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATg > 2:680726/1‑151 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCTTCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTAACAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgattta > 3:423226‑M2/1‑124 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:769202‑M2/1‑122 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 2:527635‑M2/1‑122 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:498667‑M2/1‑122 (MQ=255) gATAAGGCGCTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGTCGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTAGTGGTCGATGCCGATATGTCCACCGTAGTCGGCAATTAATACATAGCACGAgctgatgctgccaacttcctgatatcgtgta < 4:478158‑M2/150‑32 (MQ=255) ggCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg > 1:459602‑M2/1‑114 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggt > 4:253617‑M2/1‑112 (MQ=255) 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3:518366‑M2/1‑25 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc < 1:146382‑M2/151‑131 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttc > 1:284694‑M2/1‑21 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgacaacgtagggttagtgggggtgagggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgc < 4:176765‑M2/150‑130 (MQ=255) gCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg < 2:344833‑M2/151‑132 (MQ=255) gCAATTAATACATAGCACGAggtgatgcggccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccg > 2:631129‑M2/1‑20 (MQ=255) 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4:100840‑M2/1‑9 (MQ=255) aGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 4:324417‑M2/1‑7 (MQ=255) cACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 4:512554‑M2/79‑75 (MQ=255) aCGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 2:913071‑M2/62‑59 (MQ=255) | GGAAAGCTTGAATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATA > NC_000913_3_bme_pgi/4235397‑4235692 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |