Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913_3_bme_pgi | 3,546,391 | 0 | C | T | 67.7% | 79.2 / 52.7 | 65 | intergenic (+192/‑168) | nfuA/gntT | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein/gluconate transporter, high‑affinity GNT I system |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/11); new base T (18/26); total (28/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTCATTTCGGGCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAA > NC_000913_3_bme_pgi/3546242‑3546539 | gTCATTTCGGGCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCg < 1:316836/151‑1 (MQ=255) cGGGCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCAt < 3:176076/150‑1 (MQ=255) gggCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTc < 1:747953/151‑1 (MQ=255) gCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTca > 4:332818/1‑150 (MQ=255) ccTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAATCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTcaca > 1:611840/1‑151 (MQ=255) ccTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTcaca < 2:331694/151‑1 (MQ=255) aCGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATg > 3:191803/1‑150 (MQ=255) cGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATgg < 4:191803/150‑1 (MQ=255) cGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATggg > 1:154508/1‑151 (MQ=255) ttGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTa < 1:288135/151‑1 (MQ=255) tGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTAc > 1:417116/1‑151 (MQ=255) aTGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAAc < 1:492130/151‑1 (MQ=255) aTGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAAc < 2:404390/151‑1 (MQ=255) gtgCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACa < 4:213724/150‑1 (MQ=255) ccAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAAGCTCTCAAAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACTCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAGACATAc > 4:179715/1‑150 (MQ=255) tGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACAt > 2:757502/1‑151 (MQ=255) ggCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATc < 2:290696/151‑1 (MQ=255) cgcAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTcaca < 1:227966/123‑1 (MQ=255) cgcAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTcaca > 2:227966/1‑123 (MQ=255) cgcAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTg < 2:491777/151‑1 (MQ=255) gcagcaTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGa > 1:572791/1‑151 (MQ=255) caTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTa < 4:309662/150‑1 (MQ=255) gCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACaata < 1:108476/151‑1 (MQ=255) gTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCa < 2:464707/103‑1 (MQ=255) gTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCa > 1:464707/1‑103 (MQ=255) aaaTCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACAGCTGACATCTGACTACAATAATTAGttt < 1:706680/151‑1 (MQ=255) gTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTa < 1:630523/151‑1 (MQ=255) cGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTTTCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATc < 4:585333/150‑1 (MQ=255) cGTTCCCCCGCGATAATATGACCAGCCTCTCATAATTTAAGTTTACCGCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATcn < 2:154508/151‑2 (MQ=255) cccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgt > 4:474542/1‑150 (MQ=255) ccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTcac < 1:952761/86‑1 (MQ=255) ccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTcac > 2:952761/1‑86 (MQ=255) cgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgtggtg < 3:541139/150‑1 (MQ=255) aataTGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGc < 3:474542/150‑1 (MQ=255) atatGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGAc < 4:116836/109‑1 (MQ=255) atatGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGAc > 3:116836/1‑109 (MQ=255) aCCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtct > 2:112105/1‑151 (MQ=255) ccAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAAc < 1:922294/85‑1 (MQ=255) ccAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAAc > 2:922294/1‑85 (MQ=255) cAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtctc < 4:107221/150‑1 (MQ=255) aaCCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTg < 1:127002/151‑1 (MQ=255) ctctCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTc > 2:343608/1‑151 (MQ=255) ctcATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTcc > 4:352688/1‑150 (MQ=255) aTAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGAt > 1:68770/1‑151 (MQ=255) aatttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTg > 2:510626/1‑151 (MQ=255) aatttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTg < 2:417116/151‑1 (MQ=255) atttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTAc > 2:69969/1‑93 (MQ=255) atttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTAc < 1:69969/93‑1 (MQ=255) atttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTgg < 2:545147/151‑1 (MQ=255) aCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAGCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTaga < 1:356507/151‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGt < 3:496771/150‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGtt > 1:902392/1‑151 (MQ=255) tGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATGCTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGAGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtcg > 3:488306/1‑150 (MQ=255) tGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtcgt < 1:153092/151‑1 (MQ=255) ggTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACa < 1:121023/64‑1 (MQ=255) ggTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACa > 2:121023/1‑64 (MQ=255) gATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAg > 4:272423/1‑150 (MQ=255) aaaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGttt < 3:274891/75‑1 (MQ=255) aaaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGttt > 4:274891/1‑75 (MQ=255) aaaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGa > 2:928647/1‑151 (MQ=255) aaaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGa > 2:387779/1‑151 (MQ=255) aaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGAc < 1:343608/151‑1 (MQ=255) gCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGtg > 1:946231/1‑150 (MQ=255) aGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTTTCGTCAGAAAATTGACGTTAcc < 2:68770/151‑1 (MQ=255) aTGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCa < 1:387779/151‑1 (MQ=255) cccGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACaa > 2:742942/1‑151 (MQ=255) | GTCATTTCGGGCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTACCCATAACAA > NC_000913_3_bme_pgi/3546242‑3546539 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |