| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 1979270 | NA (NA) | 739 (19.950) | 236/244 | 0.0 | NA | intergenic (‑55/‑483) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 4235548 | NA (NA) | intergenic (‑2315/‑359) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
Only 100 of 785 total aligned reads displayed.
GAAAGCTTGAATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCA > NC_000913_3_bme_pgi/4235398‑4235696 | gAAAGCTTG‑ATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACga > 3:51802/1‑150 (MQ=255) aaaGCTTGA‑TCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAg > 1:148602‑M2/1‑149 (MQ=255) aaaGCTTGA‑TCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAg < 3:27559‑M2/150‑2 (MQ=255) aGCTTGA‑TCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggt > 2:164043‑M2/1‑147 (MQ=255) aGCTTGA‑TCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggt > 4:15928‑M2/1‑147 (MQ=255) gatcatcgTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgc < 1:248477‑M2/149‑9 (MQ=255) catcGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgct > 3:25663‑M2/1‑139 (MQ=255) tcgtcgATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgcca < 2:314565‑M2/150‑14 (MQ=255) gtcgATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaac > 2:206041‑M2/1‑135 (MQ=255) tcgATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctg < 1:301584‑M2/144‑11 (MQ=255) atatGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCCGATGCGACGCGGCCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGACGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttac > 1:120127‑M2/1‑131 (MQ=255) gTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgat < 3:67377‑M2/150‑24 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgattta < 2:430382‑M2/150‑27 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgattta > 2:292343‑M2/1‑124 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttag < 2:259450‑M2/150‑28 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttag < 4:114242‑M2/150‑28 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagt > 4:53765‑M2/1‑122 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAgg > 2:469327‑M2/1‑122 (MQ=255) 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ttCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAgg < 3:117184‑M2/112‑3 (MQ=255) tCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 4:142241‑M2/1‑109 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTCCATCGTATTCGGCGCTTAATACATAGAACGAggtgttgctgacaacttaatggtttagtgtatgatgctgcttt < 1:262397‑M2/150‑44 (MQ=255) gtcgcatCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgattta > 4:103621‑M2/3‑105 (MQ=255) ccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 2:7675‑M2/1‑104 (MQ=255) ccgcATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 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cATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttc > 2:244153‑M2/1‑31 (MQ=255) cATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt > 2:13320‑M2/1‑31 (MQ=255) aTCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca > 2:461826‑M2/1‑30 (MQ=255) tCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaa > 1:416194‑M2/1‑29 (MQ=255) cGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 1:222319‑M2/1‑28 (MQ=255) cGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 1:369238‑M2/1‑28 (MQ=255) tATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagc < 2:306331‑M2/150‑125 (MQ=255) tATTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt < 4:152687‑M2/94‑69 (MQ=255) aTTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaa > 2:69944‑M2/1‑25 (MQ=255) aTTCGGCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaa < 1:69944‑M2/139‑115 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgc < 2:57437‑M2/150‑130 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccccgctgttcagctattgacggggtggttcttaacggcaaaagcaccgc < 2:400731‑M2/150‑130 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagcggcttctgtttctatca > 1:199569‑M2/1‑21 (MQ=255) ggCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca < 1:354984‑M2/76‑56 (MQ=255) gCAATTAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgcc > 1:38736‑M2/1‑20 (MQ=255) ttAATACATAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggac > 1:441010‑M2/1‑16 (MQ=255) aTAGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcg < 2:392567‑M2/150‑142 (MQ=255) aGCACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcgagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgct > 3:138542‑M2/1‑7 (MQ=255) cACGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctact > 2:342715‑M2/1‑5 (MQ=255) aCGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctat < 1:186932‑M2/76‑73 (MQ=255) cGAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttc < 1:400337‑M2/72‑70 (MQ=255) | GAAAGCTTGAATCATCGTCGATATGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGACGTTATGTCGGCATTTTTTTATCAGATAAATCCCCTTGTCTGTAATTTAACGGAAATCATACCGTGAGGTTAATCCTAAAATAGATTTTTAATCGTTGTTTATTTCGGAAAATACGCA > NC_000913_3_bme_pgi/4235398‑4235696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |