| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | 2304591 = | NA (NA) | 13 (0.370) | 9/230 | 2.6 | 26.1% | noncoding (175/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | 2304609 = | 39 (1.050) | noncoding (193/655 nt) | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | REP161 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 12 REP sequences | |||||
CGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCT > NC_000913_3_bme_pgi/2304466‑2304738 | gggTTGCCTGAGGCAACGCTGACGCCGCTTATCAGCCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGc < 2:454262/149‑1 (MQ=17)gggTTGCCGGATGCGCAGCTGACGCGTCTTATCAGCCCTACACCGCAGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGc < 1:118849/149‑1 (MQ=17) tGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCg > 3:98247/1‑150 (MQ=255) aTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCGACACCGCt > 1:462835/1‑150 (MQ=255) tGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCtg > 3:163575/1‑150 (MQ=255) gccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg < 1:180193‑M2/5‑1 (MQ=255) gccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg < 1:180289‑M2/5‑1 (MQ=255) gccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg > 2:180289‑M2/125‑129 (MQ=255) gccagcgtcgcatcaggcaaccggcttgggcgttagatgtcggatgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAg > 2:180193‑M2/125‑129 (MQ=255) gcgcGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGTCGCGCCTTATCCGGCCTACACCGCTGTGAAGtccgc > 2:239817/1‑146 (MQ=255) cacCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATaa < 4:98247/150‑1 (MQ=255) cGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGTGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg < 3:176249/105‑1 (MQ=18) cGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGTGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAg > 4:176249/1‑105 (MQ=18) gccgtgAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg < 3:165271/147‑1 (MQ=255) aaGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcg < 4:163575/150‑1 (MQ=255) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 4:267335/150‑1 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgc < 1:343118/146‑1 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgc > 2:343118/1‑146 (MQ=255) ggCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt > 2:397793/1‑150 (MQ=255) gCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCg < 2:185070/121‑1 (MQ=35) gCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCg > 1:185070/1‑121 (MQ=37) cACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg < 1:406378/133‑1 (MQ=255) cACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAg > 2:406378/1‑133 (MQ=255) atgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCa > 1:155311‑M2/82‑85 (MQ=255) atgcggcgtaaccgccttatccgacctacggggtggagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCa < 2:155311‑M2/4‑1 (MQ=255) gTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTTCTGAAACGCTGCCGGGTCTTATCAAGCCTACACCGCGGTGAAGTGCTCCACCGCGTCGGTCGCATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAAc > 4:100913/1‑150 (MQ=14) gTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGAGACGCCGCCTCGGGTGATAAAGCGTACCACGCCGTGAAGATCTCCACCGCGTCGGTCGCATAAGACAGTAAAGCCGCACCCGACATCTCAc > 4:246074/1‑150 (MQ=9) tCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCgg < 1:422302/117‑1 (MQ=40) tCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCgg > 2:422302/1‑117 (MQ=38) aGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGa < 2:88283/116‑1 (MQ=255) aGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGa > 1:88283/1‑116 (MQ=255) gACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg > 2:54216/1‑122 (MQ=40) gACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCg < 1:54216/122‑1 (MQ=40) cGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCgg < 3:18037/150‑1 (MQ=35) gacACGCCGCATCAGACAACTAACGGCCGTGCCGGTTGCCTGAGGCGACGCTGGCGCGTCTTATCGGGCCTACACCGCTGTGGAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGtt < 3:246074/148‑1 (MQ=11) gTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGtt < 3:100913/150‑1 (MQ=34) aCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGcc < 1:131285/150‑1 (MQ=32) aTCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACACCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCg > 4:34333/1‑150 (MQ=17) cGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGt < 3:109705/85‑1 (MQ=35) cGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGt > 4:109705/1‑85 (MQ=35) gACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt > 2:52385/1‑118 (MQ=32) gACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACAt < 1:52385/118‑1 (MQ=32) gagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGc > 4:201407‑M2/47‑53 (MQ=255) gagcacttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGc < 3:201407‑M2/7‑1 (MQ=255) tCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 3:34333/150‑1 (MQ=32) aaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 4:138759/103‑1 (MQ=32) aaCGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 3:138759/1‑103 (MQ=33) ttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAgg > 3:119265‑M2/41‑46 (MQ=255) ttcacagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAgg < 4:119265‑M2/6‑1 (MQ=255) acagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 3:45372‑M2/38‑86 (MQ=255) acagcggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg < 4:45372‑M2/49‑1 (MQ=255) cggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa > 2:85201‑M2/34‑100 (MQ=255) cggtgtaggcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGa < 1:85201‑M2/67‑1 (MQ=255) gcctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTaca > 3:191596‑M2/26‑150 (MQ=255) cctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTccac > 2:67790‑M2/25‑150 (MQ=255) cctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTCATCAGGCCTacac > 2:418668‑M2/25‑150 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 3:5870‑M2/106‑1 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc < 3:5859‑M2/106‑1 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 4:5859‑M2/24‑129 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcttATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGgc > 4:5870‑M2/24‑129 (MQ=255) ctgataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACAcc > 2:378162‑M2/24‑150 (MQ=255) ataagacgcgccagcgtcgcATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCt < 1:378162‑M2/130‑1 (MQ=255) ATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg < 1:87017‑M2/38‑1 (MQ=255) ATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg > 2:87017‑M2/1‑38 (MQ=255) | CGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCT > NC_000913_3_bme_pgi/2304466‑2304738 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |