| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | 4229380 = | NA (NA) | 39 (0.470) | 27/242 | 3.8 | NA | noncoding (5/70 nt) | REP312 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP312 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | 4229413 = | NA (NA) | noncoding (38/70 nt) | REP312 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | REP312 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 2 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
TACGCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_bme_pgi/4229534‑4229380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcaggcACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAG > NC_000913_3_bme_pgi/4229413‑4229561 TACGCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTAT < 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ACGCTGGGTGGCCCGAACACCACCTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATC > 2:279438/1‑150 CGCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCA < 3:219691/150‑1 GCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG < 1:850407/150‑1 GCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG < 2:999961/150‑1 GCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG > 2:990967/1‑150 GCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG > 4:594848/1‑150 GCTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG < 4:159137/150‑1 GCTGGGAGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG > 4:503511/1‑150 CTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGG < 1:711914/150‑1 CTGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGG < 3:99278/150‑1 gagcgaGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC < 1:375178/144‑1 TGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGGAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC < 3:558034/150‑1 TGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC < 1:909543/150‑1 TGGGTGGCCCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC < 1:627823/150‑1 CCGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAG < 2:684467/140‑1 CGAACACCACTTATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC > 2:363599/1‑141 ATGTGTTTAAGGCTGGTGAAGAAGCGGTTCCGCTGGAAGCTGGTCACCGTTTTTAAGTGAATTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATC < 2:28890/125‑1 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1:762662/1‑67 TTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATC < 2:676876/64‑1 TTGCCGGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATC > 1:676876/1‑64 GGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCA < 2:190766/64‑1 GGATGCATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCA > 1:190766/1‑64 ATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTC > 2:424505/1‑136 ATGATCCGGCATCTTGTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGC > 1:46696/1‑57 GTTCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCG > 1:51319/1‑150 TCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCCTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGG > 2:849881/1‑72 TCATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCCCTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGG < 1:849881/72‑1 ATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCC > 4:638484/1‑150 ATAGTGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCGCATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGG < 1:359719/70‑1 TGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCC > 2:885711/1‑150 TGCCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCC > 4:233293/1‑150 GCCTGATGCGACGCTTGACGCG‑‑‑‑‑TCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACC < 1:1017355/83‑1 GCCTGATGCGACGCTTGACGCG‑‑‑‑‑TCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACC > 2:1017355/1‑83 CCTGATGCGACGCTTGACGCGTCTTATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAG > 3:594746/1‑150 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< 1:965252/150‑1 ATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTG > 1:480763/1‑150 ATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAA > 4:314311/1‑97 ATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAA < 3:314311/97‑1 ATCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAA > 3:618257/1‑52 TCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGA > 2:295539/1‑150 TCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGA > 2:860400/1‑150 TCAGGCACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAG > 4:191779/1‑129 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NC_000913_3_bme_pgi/4229534‑4229380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcaggcACTATGAACAAGATGCCGGATCATGCATCCGGCAATTCACTTAAAAACGGTGACCAGCTTCCAGCGGAACCGCTTCTTCACCAGCCTTAAACACATAAGTGGTGTTCGGGCCACCCAGCGTAGCGTGACCTTTACTCACTGTGATCCAG > NC_000913_3_bme_pgi/4229413‑4229561 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |