| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,086 | C→A | G315V (GGC→GTC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,086 | 0 | C | A | 100.0% | 228.5 / NA | 64 | G315V (GGC→GTC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (32/32); total (32/32) | |||||||||||
CCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439945‑3440232 | ccTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGAc > 1:416408/1‑150 (MQ=255) gCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTc < 4:153039/150‑1 (MQ=255) ggCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACgg < 2:52123/150‑1 (MQ=255) ctgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:547356/1‑150 (MQ=255) tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGaa < 2:308503/150‑1 (MQ=255) tGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGc < 3:126194/150‑1 (MQ=255) gCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCa < 3:168704/150‑1 (MQ=255) gCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCAACGGGAAGCCAGCa > 3:540681/1‑150 (MQ=255) ttCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGc > 2:973424/1‑141 (MQ=255) ttCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGc < 1:973424/141‑1 (MQ=255) ttGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa > 4:558701/1‑150 (MQ=255) acgacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct > 4:252608/1‑150 (MQ=255) acgacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct > 1:925489/1‑150 (MQ=255) gacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCa > 3:53142/1‑150 (MQ=255) acCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAg > 3:129566/1‑150 (MQ=255) tctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAaga > 4:578074/1‑150 (MQ=255) gATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt > 1:325872/1‑150 (MQ=255) cgcATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAAACTGTGATCCGGTTACTCCTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGCGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTAcc > 1:735146/1‑150 (MQ=255) ccTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga < 1:718116/90‑1 (MQ=255) ccTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga > 2:718116/1‑90 (MQ=255) cTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg > 2:462867/1‑150 (MQ=255) ttATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAgg < 4:607025/150‑1 (MQ=255) ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtt > 4:631491/1‑150 (MQ=255) ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtt < 1:222658/150‑1 (MQ=255) ctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa > 1:705113/1‑150 (MQ=255) ctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa > 1:354801/1‑150 (MQ=255) tcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg < 2:416408/150‑1 (MQ=255) ccAGTAAAGCCTTCACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGGTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCGTTGATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg < 2:735146/149‑1 (MQ=255) gTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATACTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTgaggag > 1:950201/1‑150 (MQ=255) aaaaCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCt < 2:925489/150‑1 (MQ=255) ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAc < 2:325872/150‑1 (MQ=255) cTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAcc > 4:495127/1‑150 (MQ=255) ttAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCt < 1:290133/150‑1 (MQ=255) aaCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATACTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTGAGGAGCTCAACCTCg < 2:950201/150‑1 (MQ=255) aCCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCgg < 4:129566/150‑1 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt > 2:758092/1‑110 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAtttt < 1:758092/110‑1 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCg > 2:81506/1‑143 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCg < 1:81506/143‑1 (MQ=255) gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCt < 1:346212/150‑1 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc < 3:552797/87‑1 (MQ=255) ttACTCGGCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtctc > 4:552797/1‑87 (MQ=255) cTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATc < 1:73824/150‑1 (MQ=255) tCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCa < 4:53142/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTg < 4:448685/139‑1 (MQ=255) cGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTg > 3:448685/1‑139 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga > 1:704290/1‑46 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCaga < 2:704290/46‑1 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCAcc < 3:135791/150‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAgg < 3:588633/117‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAgg > 4:588633/1‑117 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa < 1:572224/94‑1 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCaa > 2:572224/1‑94 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAg < 3:578074/150‑1 (MQ=255) cGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg > 2:368654/1‑92 (MQ=255) cGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAg < 1:368654/92‑1 (MQ=255) gTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGCACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCtt > 3:580851/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg > 2:212011/1‑150 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg < 2:354801/150‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg > 2:578571/1‑150 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa < 3:252608/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGTACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 3:558701/150‑1 (MQ=255) aGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAg > 3:310362/1‑150 (MQ=255) aTGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCa > 1:144464/1‑150 (MQ=255) | CCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439945‑3440232 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |