| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 3,546,391 | C→T | intergenic (+192/‑168) | nfuA → / → gntT | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein/gluconate transporter, high‑affinity GNT I system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,546,391 | 0 | C | T | 92.7% | 212.5 / 5.4 | 68 | intergenic (+192/‑168) | nfuA/gntT | Fe/S biogenesis protein, putative scaffold/chaperone protein/gluconate transporter, high‑affinity GNT I system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/3); new base T (34/29); total (36/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.19e-01 | |||||||||||
GCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTAC > NC_000913_3_bme_pgi/3546252‑3546530 | gCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCCAATCCTCGGTGCGTTTCCCCGCGCTAAGATGACCGACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTca < 4:83074/150‑1 (MQ=255) gTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATggg > 4:69115/1‑150 (MQ=255) gTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCACGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATggg > 4:69114/1‑150 (MQ=255) aTGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCaaa < 1:724522/150‑1 (MQ=255) tgtgCCAGACGTTGGCGCAGCCTTGCTTCGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAAc < 1:123022/150‑1 (MQ=255) ggtgCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAAc < 2:332878/149‑1 (MQ=255) ccAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATAc > 3:272041/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACAt > 2:146911/1‑150 (MQ=255) cgcAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCt < 2:210929/150‑1 (MQ=255) gcaTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACt < 2:148267/150‑1 (MQ=255) caTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACACCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTa > 1:829411/1‑150 (MQ=255) aTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTc > 2:398059/1‑135 (MQ=255) aTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTc > 3:276993/1‑135 (MQ=255) aTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTc < 4:276993/135‑1 (MQ=255) aTTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTc < 1:398059/135‑1 (MQ=255) tGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACaa < 2:633650/150‑1 (MQ=255) tttGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTCCaataa > 2:83460/1‑150 (MQ=255) tttGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACaataa > 3:416753/1‑150 (MQ=255) tttGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACaataa > 4:138708/1‑150 (MQ=255) ttGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCt > 2:206827/1‑138 (MQ=255) 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cTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTAccc > 2:637529/1‑89 (MQ=255) ggTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACAt > 4:422539/1‑123 (MQ=255) ggTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACAt < 3:422539/123‑1 (MQ=255) gTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGt > 4:93235/1‑150 (MQ=255) ttCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTa > 4:160105/1‑150 (MQ=255) cccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGt > 2:374710/1‑141 (MQ=255) cccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGt < 1:374710/141‑1 (MQ=255) ccGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgtg < 4:416753/150‑1 (MQ=255) gcgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCAtt > 2:518193/1‑81 (MQ=255) gcgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCAtt < 1:518193/81‑1 (MQ=255) gcgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACAt < 2:731203/86‑1 (MQ=255) gcgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACAt > 1:731203/1‑86 (MQ=255) gcgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgtggt > 2:465297/1‑150 (MQ=255) cgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgtggtg < 3:69115/150‑1 (MQ=255) cgATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCgtggtg < 3:69114/150‑1 (MQ=255) ccAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtct > 1:689057/1‑150 (MQ=255) ccAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtct > 1:688854/1‑150 (MQ=255) aTAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGa > 2:723641/1‑150 (MQ=255) tAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGAt > 2:385253/1‑150 (MQ=255) atttaaatttaCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTg > 1:110064/1‑150 (MQ=255) taCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTa > 4:474346/1‑150 (MQ=255) aCCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTag < 4:272041/150‑1 (MQ=255) ccGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACa > 3:426452/1‑60 (MQ=255) ccGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACa < 4:426452/60‑1 (MQ=255) cGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGtt > 1:436494/1‑150 (MQ=255) ctctGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTg < 4:214429/150‑1 (MQ=255) tctGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgt < 2:824142/150‑1 (MQ=255) ctGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtc < 2:110064/150‑1 (MQ=255) ctGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtc < 1:146911/150‑1 (MQ=255) aTTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtct < 4:564324/113‑1 (MQ=255) aTTCTCAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATAtct > 3:564324/1‑113 (MQ=255) tcAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAAt > 3:506908/1‑150 (MQ=255) cAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAAtt < 2:551367/71‑1 (MQ=255) cAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAAtt > 1:551367/1‑71 (MQ=255) cAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAAtt > 4:341257/1‑150 (MQ=255) cAAACGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAAtt < 1:567171/150‑1 (MQ=255) 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aaCGCCAGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAAtt > 2:779314/1‑148 (MQ=255) aGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTAc > 1:169152/1‑150 (MQ=255) aGATGTTACCTGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTAc < 3:414742/150‑1 (MQ=255) ccGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtcgtc > 2:348296/1‑125 (MQ=255) ccGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTgtcgtc < 1:348296/125‑1 (MQ=255) | GCCTACGTTGAACATGTGCCAGACGTTGGCGCAGCATTGCTTTGTCAAATCCTCGGTTCGTTTCCCCGCGATAATATGACCAACCTCTCATAATTTAAATTTACCCCGCTCTGGTGATTCTCAAACGCCAGATGTTACCCGTATCATTCACATGGGTACCAAACATACTCCTGACATCTGACTACAATAATTAGTTTTAGTGGGTATCAGTCGTGGTGCCGCAATATCTCTGTTCCCGATTGGGATAATTAGAGTTTGTCGTCAGAAAATTGACGTTAC > NC_000913_3_bme_pgi/3546252‑3546530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |