New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_bme_pgi | 19797 = | NA (NA) | 44 (0.930) | 39/280 | 0.3 | 95.7% | intergenic (+177/+14) | nhaR/insB1 | transcriptional activator of nhaA/IS1 transposase B |
? | NC_000913_3_bme_pgi | 61481 = | 2 (0.040) | coding (1784/2907 nt) | rapA | RNA polymerase remodeling/recycling factor ATPase; RNA polymerase‑associated, ATP‑dependent RNA translocase |
GATTAGTTGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > NC_000913_3_bme_pgi/19656‑19943 | gatTAGTTGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGAc < 1:156935/149‑1 (MQ=255) ttGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCCTTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAAc < 1:676192/149‑1 (MQ=255) ttGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATCAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGCATGCTCAAAAGAGTAGTAATTGCTGATAATGACTCCAAc > 1:231934/1‑149 (MQ=255) tACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTa > 1:599139/1‑149 (MQ=255) tACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTACCCGACAAGTCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTa < 1:615154/149‑1 (MQ=255) aCATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTAt < 2:362267/149‑1 (MQ=255) ttACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGa < 1:830552/149‑1 (MQ=255) cACGATTTTGACTAGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCGTGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgt > 1:421596/1‑149 (MQ=255) aCGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg > 1:748564/1‑149 (MQ=255) ttttGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGtttt < 1:236590/149‑1 (MQ=255) ttGACCCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAt < 1:308940/149‑1 (MQ=255) tGACTCGGGTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATg < 2:345968/149‑1 (MQ=255) cATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAt > 1:762536/1‑149 (MQ=255) ttattTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGc < 2:762536/149‑1 (MQ=255) tttGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 2:85986/149‑1 (MQ=255) tttGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCg < 2:85907/149‑1 (MQ=255) cccGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTAGGTTCAGATAATGCCCGATGa > 1:604338/1‑149 (MQ=255) cGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACt > 1:481554/1‑149 (MQ=255) cGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACt > 1:291353/1‑149 (MQ=255) cTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACttt < 1:428087/149‑1 (MQ=255) ttGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTGTCTGTTCAGCTAATGACCGATGACTTTg > 1:490893/1‑149 (MQ=255) tGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt < 2:748564/149‑1 (MQ=255) gagaCATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTc < 1:311371/149‑1 (MQ=255) tGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGc < 1:354391/149‑1 (MQ=255) ccATATTTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTTATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAc < 2:590170/149‑1 (MQ=255) gTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCAACTAttt > 2:73001/1‑149 (MQ=255) gtgagtggAATAAACAGAGGAATTTGATTCCTTCTTTGAGGGGGATGGTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTga < 2:326747/142‑1 (MQ=18) gggCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACt > 1:523696/1‑81 (MQ=255) gggCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACt < 2:523696/81‑1 (MQ=255) gAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGCTGACTTTGTCATGCAGCTCCACCTATTTTGAGAACGAc > 1:525540/1‑149 (MQ=255) ataaataGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATATTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGCTGACTTTGTCATGCAGCTCCACCCATTTTGGCAACGAccc > 2:16991/1‑147 (MQ=25) agGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTcc > 2:115879/1‑149 (MQ=255) gAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGt > 1:704014/1‑149 (MQ=255) aaTCTCATGACTTCTTCCACGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACGTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGTCCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTc < 2:159296/149‑1 (MQ=17) tCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTccc > 1:6293/1‑149 (MQ=255) ttccttcATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGcc > 2:808261/1‑149 (MQ=255) cttcATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAgg > 1:274307/1‑149 (MQ=255) ttcATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCGTGCAGCTCGACCGATTTTGCGAACGACAGCGACTTCCGTCGCAGCCGTGCCGGGt > 1:277502/1‑149 (MQ=17) ttcATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGt < 2:114152/149‑1 (MQ=255) tcATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGtg < 2:6293/149‑1 (MQ=255) gAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTc < 2:753493/116‑1 (MQ=255) gAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTc > 1:490971/1‑149 (MQ=255) gAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTCGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTc > 2:790931/1‑149 (MQ=255) gAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGATTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTc > 1:753493/1‑116 (MQ=255) aaGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAgg < 2:291353/149‑1 (MQ=255) agtagtAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTa > 2:437435/1‑149 (MQ=40) agtagtAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGCttc > 2:207465/1‑148 (MQ=255) tagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGAtt > 1:256925/1‑140 (MQ=39) tagtaATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGAtt < 2:256925/140‑1 (MQ=39) taATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCg > 2:47217/1‑149 (MQ=35) taATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCg > 1:722247/1‑149 (MQ=35) gCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCaa < 2:274307/149‑1 (MQ=32) tGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCATCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAAtt > 1:692173/1‑149 (MQ=11) | GATTAGTTGTACATTACCACGATTTTGACTCGGCTCATTATTTGCCCGCTTGAGACATTGTTTCCATATGTACGCGGGCGAATAAATAGAGGAATCTGATTACTTCCTTCATGGGGATGCTGAAAAGAGTAGTAATTGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > NC_000913_3_bme_pgi/19656‑19943 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |