| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 225,467 | 1 | . | T | 20.0% | 30.1 / 13.9 | 20 | intergenic (+10/‑33) | ileV/alaV | tRNA‑Ile/tRNA‑Ala |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/5); new base T (4/0); total (15/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCA > NC_000913_3_bme_pgi/225438‑225606 | aaGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTgg > 1:510309/1‑150 (MQ=11)aaGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTgg < 2:65236/150‑1 (MQ=11) aGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGt < 4:30457/150‑1 (MQ=31) gTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGtt < 1:497519/150‑1 (MQ=32) gTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGtt < 2:18737/150‑1 (MQ=32) tCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTta > 2:29535/1‑150 (MQ=32) tCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTta > 3:219194/1‑150 (MQ=32) tCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCGTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTta > 4:252318/1‑150 (MQ=17) ccACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGATATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTtaa > 1:466759/1‑150 (MQ=17) cTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTtaaata > 3:147860/1‑150 (MQ=32) cTCAGGCCTACAAACTGTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGAACGCAGGAGGGCGGCGGTTGGATCCCGCATGGCTCCACCATCTCTGTAGTGGGtgaata > 2:590061/1‑150 (MQ=11) gCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATaaaaaa < 2:278005/150‑1 (MQ=32) ttcAAATTTGCCGT‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACt > 4:153248/3‑150 (MQ=255) ttcAAATTTGCCGT‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAACTGTGAGGGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCACCTCTGGAGCGGTTAAATAAAAAACACt > 2:200857/3‑150 (MQ=11) ttcAAATTTGC‑CGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCGTCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACt > 1:189940/3‑150 (MQ=11) ttcAAATTTGC‑CGTGCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACt > 4:367146/3‑150 (MQ=255) tcAAATTTGC‑CGTGCAAATTTGGAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACtt > 4:129820/2‑150 (MQ=11) tcAAATTTGC‑CGTGCAAATTTGGAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACtt > 4:129761/2‑150 (MQ=11) aaaTTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGCTCCCGCATAGCTCCACCAACCCTGAAGTAGTTAAATAGAAAATACTTCa > 1:267289/1‑150 (MQ=11) aaaTTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAACTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCa > 3:220804/1‑150 (MQ=17) | AAGTCCACTCAGGCCTACCAAATTTGCACG‑GCAAATTTGAAGAGGTTTTAACTACATGTTATGGGGCTATAGCTCAGCTGGGAGAGCGCCTGCTTTGCACGCAGGAGGTCTGCGGTTCGATCCCGCATAGCTCCACCATCTCTGTAGTGGTTAAATAAAAAATACTTCA > NC_000913_3_bme_pgi/225438‑225606 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |