| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | 458787 = | 15 (0.150) | 71 (0.730) | 57/242 | 1.1 | 82.9% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 609347 | NA (NA) | intergenic (+170/+112) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTGC > NC_000913_3_bme_pgi/458639‑458936 | atggtcatctggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgg > 1:823721‑M1/149‑150 (MQ=255) tCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgggg > 1:558699/1‑150 (MQ=255) aaaGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgg > 2:593863/1‑146 (MQ=255) aaaGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGa > 4:336993/1‑150 (MQ=255) tcatctggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGaa < 3:715328‑M1/6‑1 (MQ=255) catctggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGaaa > 4:704655‑M1/144‑150 (MQ=255) catctggagcttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGaaa > 1:632449‑M1/144‑150 (MQ=255) cttacaggtggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgtagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagagcttatGGGGAAACATCCCCat < 3:637679‑M1/16‑1 (MQ=255) aTTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgct > 2:1106340‑M2/1‑141 (MQ=255) aTTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagc > 2:1120182‑M2/1‑141 (MQ=255) tggccattcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGAc < 1:1218394‑M1/24‑1 (MQ=255) tATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaac > 3:362475‑M2/1‑138 (MQ=255) ttcgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACAt > 3:197267‑M1/121‑150 (MQ=255) cAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaag > 1:282820‑M2/1‑133 (MQ=255) cgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGa < 1:570790‑M1/5‑1 (MQ=255) cgtgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGt > 2:478715‑M1/119‑150 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCAtata < 4:130440‑M1/19‑1 (MQ=255) tgggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTa < 2:42353‑M1/34‑1 (MQ=255) ggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgg < 2:541027‑M1/2‑1 (MQ=255) ggacagtatccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatgg > 1:541027‑M1/115‑116 (MQ=255) atccctgacagcctacaaaacgcaattgaagaacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtcgcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGc > 3:756889‑M1/108‑150 (MQ=255) atccctgacagccgacaaaacgcaattgaaggacgcgaggcatcgtcttaacgaggcaccgaggcgtctcattcttcagatggttcaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGc > 4:637679‑M1/108‑150 (MQ=255) aTCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat > 2:1199048‑M2/1‑112 (MQ=255) aTCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgat < 1:942712‑M2/150‑39 (MQ=255) 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tcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactg < 4:594019‑M2/145‑118 (MQ=255) tcGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagccc > 1:801812‑M2/1‑28 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATcc > 1:711675‑M1/16‑150 (MQ=255) agttagcggttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCGGATTAGCGGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATcccc > 2:56139‑M1/14‑150 (MQ=255) agttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATcccc > 3:392480‑M1/14‑150 (MQ=255) gttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCg > 4:715328‑M1/13‑150 (MQ=255) ttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGt > 3:681235‑M1/12‑150 (MQ=255) gAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttg < 4:107066‑M2/42‑23 (MQ=255) gAATGTGGGGGAAACATCCCataagcgctaacttaagggttg > 3:107066‑M2/1‑20 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgc < 1:150238‑M2/150‑138 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctggcccatattggtaagcccgaagaactggatacttcggcacgtaatgc < 4:270561‑M2/150‑138 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgtggtattacgcctgatatgatttaacgtgccgatgaattactctcacgataactggtcagcaattctgg < 2:282224‑M2/104‑92 (MQ=255) | GTCAAAGCAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTGCCGCTGC > NC_000913_3_bme_pgi/458639‑458936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |