| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.88e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTG > NC_000913_3_hsa_pgi/1287121‑1287416 | cTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGACCCtt > 1:3078292/1‑150 (MQ=255) tGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACATTc > 2:2895187/1‑150 (MQ=255) gCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTAGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCg < 1:3115489/150‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGAGTCGTTGGGAAGGTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCATCGAAGTc > 2:4154547/1‑150 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGa > 1:3244888/1‑150 (MQ=255) tctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGa > 1:2577270/1‑150 (MQ=255) tctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCATCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACg > 1:2825497/1‑150 (MQ=255) tcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGc > 1:3552295/1‑150 (MQ=255) 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atatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACAATCGAAGTCCATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCACTTAGGCCGCTCGGGAACCCCACCATGGGTAATTCAAAttt > 2:3459807/1‑150 (MQ=25) tatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAAtttt > 1:1056688/1‑150 (MQ=255) tatTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTAGAACAATCGAAGAACATGACGGAACATTTAGATTCTGCTCCCTTAGGACGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAAGTCAAAtaat > 1:344203/1‑147 (MQ=21) tttttATTGCGGATTCGTTGGTTAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTg < 2:3356515/149‑1 (MQ=255) atTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTAGATGACGGCAGATTTACATTCTGCTCCCTTTGGACGCTCGGGAACCCAACCAGGGGTAATTAAAATTTTg > 1:3752376/1‑150 (MQ=25) 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gACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTg > 1:271545/1‑81 (MQ=255) tttGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGTCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGTTGGTGGGGGAAGGatta > 1:3493440/1‑150 (MQ=255) gAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGGGGGGGAAGGATTATtc < 1:3191320/150‑1 (MQ=255) aaaGTGAGGGAGGTGGCGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATtcg < 1:1441147/150‑1 (MQ=255) actGATGGCGCTGGTGGAAGTATTCGAACCTTCGAAGTCGATTACGGCAGATTTACAGTCTGCGCCCTTTGGCCGATAGGTAACCCCACCAGGGGTATTTAATATTTTGTTGTATTGATTGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATtcgtc < 2:1611277/148‑1 (MQ=18) gATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTc > 1:1769632/1‑62 (MQ=31) gATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTc < 2:1769632/62‑1 (MQ=31) gtgtGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCTGATTTACTGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCTGGGGTAATTCAATTTTTGTGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGctcc < 1:3459807/150‑1 (MQ=25) gggAAGGATTCGAACCTTCGTATTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCGCTTTGGCAGATCTTTATCCCCACCATGGGTATTTCAAATTTTGTGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCAc < 2:1936904/150‑1 (MQ=25) gggAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCAc > 2:1577405/1‑150 (MQ=255) gggAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCAc > 2:895282/1‑150 (MQ=255) ggAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCAcc > 1:2370958/1‑150 (MQ=255) 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CTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTG > NC_000913_3_hsa_pgi/1287121‑1287416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |