| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_pgi | 2,560,996 | 0 | G | T | 21.9% | 251.0 / 14.7 | 152 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/59); new base T (21/12); total (80/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913_3_hsa_pgi/2560847‑2561145 | aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 1:1229843/150‑1 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGt > 1:1906185/1‑150 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 2:2130294/150‑1 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:1993393/150‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACTGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGACTTTa > 1:149104/1‑150 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTAGCCTTAAAgg > 2:278939/1‑150 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATATTGGTGTGTCAAAAGTTGACGTTAAgg > 2:1718934/1‑150 (MQ=255) gCAACGTATACCAGTTATAATTCTTCCGGTAGATCATGAAAAAACGGAATCTGGCGGGCAATGTTCCCGCGTTTTCTTTGCCTTCAATCCATGAATTCTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:3840216/150‑1 (MQ=25) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAATTTGCCTTTAAggag > 2:1882583/1‑148 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 2:954331/150‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTATTGTTGGGTAAAATTTTGCATTTAAgaagt > 2:2119702/1‑146 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTgg < 2:268583/150‑1 (MQ=255) cAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAAAGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGCTCAAAATTTTCAGTTAAggagt > 2:2055127/1‑147 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 1:3601484/150‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGATTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 1:518098/150‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 1:18582/150‑1 (MQ=255) aTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGTTGGGTAAAAATTTGCCTTGAAGGAGACTCaaa > 2:2390466/1‑150 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCATGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTCTGGTGGGTAAAATGTTGCGTTTAAGGAGTATCaaaatt > 2:3327840/1‑148 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACCACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 2:1552350/150‑1 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACTTTAAGGTGTCTCAAAATTTga > 1:3547552/1‑149 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTAAGGTGTCTCTAAAGTTTcc > 1:3878744/1‑150 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGAGTGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTTATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg < 2:771538/150‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATATTGATGGGTAAAATTTTGACTTTAAGGAGGCTCAAAAGTTGACGt > 1:2159878/1‑150 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCATTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCTGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAATAGTTGCCGt < 1:1620743/150‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTACCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGGAAAAATTTgaagt > 1:2494076/1‑146 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTggagata > 1:2244545/1‑144 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATTTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTgaagtgaa > 2:1156295/1‑143 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACTGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGTTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAgg < 1:1157461/150‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAgg > 1:3106889/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTGAAGGAGGCTAAAAATTTGCAGATAAgg > 1:86715/1‑150 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTGTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTTGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGACGTTAAgg > 1:313924/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 1:3429394/150‑1 (MQ=255) cccGTACATCATGATATATCGCATACAGCCGGGCACTTTTCCCGCCTTTTCTTTGACATAAAAAATTGAATTCAGGTGGGTCAAATTTTGGCGTTAGTGTTGGGTCAAATGTTGCCTTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTggg < 2:2041701/149‑1 (MQ=16) caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc > 1:4002457/1‑132 (MQ=255) caacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 2:4002457/132‑1 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTGTTTTCCTTAATTCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 1:3265214/150‑1 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTGTGGTGTGTCAAAATTTGCCTTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCaatatt > 1:3251973/1‑146 (MQ=255) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCGGTTAAGGATGGTCAAAAGTTGCGGTTAAGGTGGGTCATAAGtt > 1:1877945/1‑150 (MQ=255) aTGAAATCACTGAATAAGTCGGGCAATGTTCCCGCCTTTGCTTTGCCTTACTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 1:4023105/150‑1 (MQ=37) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGACGTAAAGGTGTGTAAAAAtttt > 2:3603530/1‑149 (MQ=255) aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGAGTGTCAAATTTTTCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcct > 2:3741960/1‑149 (MQ=255) aaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCAAGAATTCAGGGGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 1:3225980/150‑1 (MQ=255) tAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTGGCCTTGAAGGTGGGTCAACAGGTGACGTGAAGGGGTGACAGAAGTAGACGAGt > 1:2087487/1‑150 (MQ=255) aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTaa > 1:3968494/1‑150 (MQ=255) aCGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTaa < 1:4184881/150‑1 (MQ=255) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGAGTCAAAAGTTGAAGTATAGGTGTGTGAAAATTTGACTagaaagaa > 2:7300/1‑150 (MQ=255) tccgtcaggCAGTATTCCAGCCATTTCATATCCTTAATTACTTGAATTCTGTCGGGTAAAAAGTTCCCTTTATTGTGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTc < 2:544841/143‑1 (MQ=16) aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGAATTTAAGGAGTCTCAAATGTTGCAGTATAGGGGGCGCAAAATTTGCATAGAAAGAATTcta > 2:1482882/1‑150 (MQ=255) ggggCAATGTTCCAGGATTTTTATTTCCATTAATCAATGAATTCTGGGTGGTAAAAATTTGCCTTTATTGGGGGGTATAAAGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTctacta < 2:3041488/149‑1 (MQ=16) gCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGTGTCAAATTTTGCCTTATAGGAGGCTCAAATGTTGACGTTAAAGTGGCGCAAAATTTGACAAGTAAGAATTATACTATTa > 1:2457129/1‑150 (MQ=255) gCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATAAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTAAGTGTTGGTTAAAAATTTGCCTTTAAGATGACTCAAAAGTTGCAGTGAAGGTCGGTCAAAAGATGAAAACTAAGAATTCTACTAtaa > 2:3501520/1‑148 (MQ=255) cAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGTAGTGTAAAAATTTTCATTTTAGGTGTCTGAAAATTTGAAGAGTAAGATTTCTACTATTaa > 2:4162100/1‑150 (MQ=25) cAATGTTCCC‑CCTTTACGTTGCCTTAATTCCAAGAATTCAGGTGCCGCACAAGTACCCGATACTGGTGGGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 2:1863654/150‑1 (MQ=21) attGTTCCCGCCTTTTGTTTTCCTTAATTTCATGAATTCAGGTGGGTCTAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 2:3265419/148‑1 (MQ=38) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCATAAATCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 1:3648666/150‑1 (MQ=255) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAAGGTGGCACAAAAGTTGACGTTAAGGAGAATCAAAATTTTACGAAAAGGTGTCTCAAAAGTAGACTAGTAAGAATTATAATATTAAGAATACTa > 2:3799575/1‑150 (MQ=255) cagCCTTTGCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTTCCTTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 1:1092675/148‑1 (MQ=255) ccTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc < 1:1184280/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGAGTAAGAATTCTTCTATTAAGATTTCTAGGCGACggg > 2:853044/1‑150 (MQ=38) ttGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTATACTATTAAGAATTCTAGGCGACggaat > 1:1805225/1‑147 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGAGTCTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGCTCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTATACAATAAATAATTCTACGCGACGTGAGttt > 2:2759315/1‑150 (MQ=25) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCGACTATTAAGAATTCTAGGCGAAGGAAtttt > 1:1468014/1‑150 (MQ=37) ccTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTATAGGCCACGTGAGttt > 1:1631807/1‑150 (MQ=255) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtttt > 1:1575608/1‑150 (MQ=255) tCCATGAATTCTGGGGGGTCTATATTGGGCGTTTGTGGTGGGTTATAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGcc < 1:2310310/150‑1 (MQ=37) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAAGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGGGGCTCAAATGTTGCCGAGTAAGATTTCTTATATTAACAATTCTAGGCGACCGGAgttgttacgcgtc > 2:594847/1‑143 (MQ=25) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAAATTTGCCTTTAAGGTGGGTGAAAATTATCCGAGTAAAAATTATACAATTAAAAATTAAAAGCCAACGGAATTTTTTAgacaa > 2:3940510/1‑146 (MQ=16) cATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGAGTCTCAAAATTTGAAGAGAAAAAATTCTAAAATTAATAATTCTAGGCGACGGGAGATTTATAgaata > 2:3840830/1‑146 (MQ=21) tGAATCCCGGTGGGTAAAAACTAGCCCTTTGTGGTGGGTAAAAAGTTTCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTccc < 1:3233230/150‑1 (MQ=37) ccggTGGGTCAAAATTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtcgg < 2:867913/148‑1 (MQ=255) cAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGGTTAGGTGGGGCAAAATTTGACTCGTAAGATTTATAAAATTATGAATAATAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCAcgctcgg > 2:1681622/1‑150 (MQ=18) ggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAATTTGCAGTTAATGTGTGTCAAAATTATAATACTAAGAATAATACTATTAAGAATTCTACGCGACGTGACTTTTAAAGACTCCcgctcggaaataa > 2:2553984/1‑144 (MQ=16) gTCAAAATTTGCCTTTATTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 1:3503025/150‑1 (MQ=255) atttGCCCTTATAGGGGGGTCAAATGTTGCAGTTATTGTGCGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 1:3327840/148‑1 (MQ=37) aGTTGCCGTTAGTGGTGGCTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 1:3002768/150‑1 (MQ=255) ctGCCGTTATTGGGGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 2:3582009/149‑1 (MQ=255) cGTTTGTGTTGGGTAAAAAGGAGCCCTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 1:4162100/150‑1 (MQ=38) cGTTATTGGTGGGTAAAAAGCTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 1:3378702/150‑1 (MQ=255) cttAGTGGGGGGTCATTAGCAGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 1:1008919/149‑1 (MQ=38) aGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGTCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGACGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTa > 1:3094938/1‑150 (MQ=255) aGTGGTCGGTCAAAACTTGCCGTTTAGGTGCGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCTCCTAGAGTTa < 1:2009513/150‑1 (MQ=38) gggtggGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAACAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTaaa < 1:966917/149‑1 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAAc > 2:4189326/1‑150 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTAAAAc > 2:4181137/1‑150 (MQ=255) ggtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACGGTCGGTCATAGAGAGTCGCATAGAGTTAAAc > 1:2639620/1‑150 (MQ=255) gtggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACa > 1:3570020/1‑150 (MQ=255) tggGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGACAAAAGTTGCAGAGTAAGAATTCTAATATTTAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTATTATCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCTCGTAGAGTTAAACaa > 2:302632/1‑149 (MQ=37) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGTTGGGTCAAAAGAAGCCGTTAAGGTGTTTCAAAAGTTGCCGAGAAAGAATTCTACTAATAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTATAGCCTCCCGGTCGGTCATAGATATTCGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:3035130/1‑150 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaat > 2:2281603/1‑149 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag < 1:908447/150‑1 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCACGGTCGTTCATAGAGAGTAGCCTAGAGTTAAACagaag > 1:44832/1‑150 (MQ=255) gTCAAAAGTTACCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCATCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGTGTTAAAAagaaa > 2:3749791/1‑149 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga > 2:1951570/1‑150 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTCCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaaga > 1:4065268/1‑150 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAACTTCCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATACTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGACGGTCATAGAGAGTCGCATAGAGTAAAACAgaagaa > 1:1717355/1‑150 (MQ=38) ttgctggcGTTAAGGTGGGTAAAATGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTGTACTATTATTAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 1:1158251/143‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGACTAGAGTTAAACAGAAGAattatt > 2:1371448/1‑150 (MQ=255) gTTGCAGTTAATTTGGTTAAAAAGTTGGCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 2:1117936/150‑1 (MQ=255) tGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGTAGAATTATTTc > 1:353613/1‑150 (MQ=255) gTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgccg > 2:2307335/1‑150 (MQ=255) | AAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913_3_hsa_pgi/2560847‑2561145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |