New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4215254 = | 1858 (19.880) | 91 (1.020) | 22/282 | 3.8 | 4.8% | intergenic (+45/‑224) | metA/aceB | homoserine O‑transsuccinylase/malate synthase A |
? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4215272 = | 1880 (21.120) | intergenic (+63/‑206) | metA/aceB | homoserine O‑transsuccinylase/malate synthase A | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
TTCAGCACAACTAAGACTACTCATTTAAAATGCAAAATCAAAAACAATTTCCATTTTAATTAAAAATACTTGATAACTTGTTGATAACAATATGAATAAAATTTATTCACCTGCTGAGGTACGTTTCGGAAATAAAAAAGGCACCCGAAGGTGCCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_hsa_pgi/4215409‑4215254 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtgcctTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGC > NC_000913_3_hsa_pgi/4215272‑4215419 TCAGCACAACTAAGACTACTCATTTAAAATGCAAAATCAAAAACAATTTCCATTTTAATTAAAAATACTTGATAACTTGTTGATAACAATATGAATAAAATTTATTCACCTGCTGAGGTACGTTTCGGAAATAAAAAAGGCACCCGAAG < 2:562157/149‑1 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1:199709/149‑1 CCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTAGTGCTGAACGAAAAGA > 1:1410883/1‑149 CCTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTATAATTAAAATTGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTATTGCTGAACGAAAAGA > 1:170347/1‑149 CCTTTTTTATTTCCGAAACGAACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAATTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCAATTTAAATGAGTAGTCTTATTTGTGCTGAACGAAAAGA > 1:135190/1‑149 CCTTTTTTATTTCAGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATAAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGA < 1:613931/149‑1 CCTTTTTTATTACACAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGATATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGA < 2:851720/149‑1 CTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAATTGGAATGTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAG > 2:1163872/1‑149 CTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAG < 2:354319/149‑1 CTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAG > 2:1448923/1‑149 CTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAG > 2:1337847/1‑149 CTTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTAAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTATATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAG > 2:311384/1‑149 TTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGC > 2:1114183/1‑149 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NC_000913_3_hsa_pgi/4215409‑4215254 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ggtgcctTTTTTATTTCCGAAACGTACCTCAGCAGGTGAATAAATTTTATTCATATTGTTATCAACAAGTTATCAAGTATTTTTAATTAAAATGGAAATTGTTTTTGATTTTGCATTTTAAATGAGTAGTCTTAGTTGTGCTGAACGAAAAGAGC > NC_000913_3_hsa_pgi/4215272‑4215419 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |