New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235606 | 936 (13.930) | 47 (0.750) | 34/262 | 1.0 | 5.0% | intergenic (‑2373/‑328) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein |
? | NC_000913_3_hsa_pgi | = 4235611 | 920 (14.640) | intergenic (‑2378/‑323) | lysC/yjbE | lysine‑sensitive aspartokinase 3/extracellular polysaccharide production threonine‑rich protein | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_hsa_pgi/4235449‑4235606 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgccgacATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < NC_000913_3_hsa_pgi/4235611‑4235463 GTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACA > 1:957903/1‑150 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TGCCGACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGT < 1:1093084/150‑1 TGCCGACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTAGTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGT < 1:846003/150‑1 GCCGACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTG < 2:1168338/150‑1 CGACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAA < 2:112079/150‑1 CGACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAA > 1:824430/1‑150 GACATCACTTCGGTATTGTTATGAAGTTTATTTAATCATCTCTGCTATGTATTAATTGTCTAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAATACGCGACCGCGTCTCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAAC < 2:547281/150‑1 GACATAACGTCGGTATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATAGCGGCATCGACATGTAGGCCTGGTAAGACGCGACCGCGTCGCAGCAGGCATCGGTTGCCGCATCCGGCaaccga < 1:824712/150‑7 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAAC < 2:941219/150‑1 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAAC > 1:175396/1‑150 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAAC < 1:1008025/150‑1 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTC < 2:536437/116‑1 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTC > 1:536437/1‑116 GACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTAGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAAC > 1:887295/1‑150 ACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGGCACCGCCGCGCAACAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACG > 1:1104333/1‑150 ACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACG > 1:46850/1‑150 ACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACG < 1:647369/150‑1 ACATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACG > 1:993963/1‑150 CATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < 1:324082/150‑1 CATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < 2:345044/150‑1 CATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < 2:368451/150‑1 CATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < 1:1036752/150‑1 GTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAACCGATGCCTGATGCGACGCGGTCGCGTCTTATCAGGCCTACAGGTCGATGCCGATATGTACATCGTATTCGGCAATTAATACATAGCACGATTGATTAAATAACCTTAATAACAATGCCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_hsa_pgi/4235449‑4235606 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgccgacATAACGTCGGCATTGTTATTAAGGTTATTTAATCAATCGTGCTATGTATTAATTGCCGAATACGATGTACATATCGGCATCGACCTGTAGGCCTGATAAGACGCGACCGCGTCGCATCAGGCATCGGTTGCCGGATGCGGCGTGAACGC < NC_000913_3_hsa_pgi/4235611‑4235463 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |