| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4240185 = | NA (NA) | 28 (0.440) | 17/266 | 3.6 | NA | noncoding (1/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences |
| ? | NC_000913_3_hsa_pgi | 4240218 = | NA (NA) | noncoding (34/37 nt) | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | REP314 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 1 REP sequences | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 897 total aligned reads displayed.
CAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGACGTCACTCTCT > NC_000913_3_hsa_pgi/4240069‑4240367 | gTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACATGAATGGGTAATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc > 1:599143/1‑150 (MQ=255) gTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggta > 2:387206/1‑150 (MQ=255) tttCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag > 2:566586/1‑150 (MQ=255) tttCAATTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag < 2:891507/150‑1 (MQ=255) tatcctttGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGggtag > 2:448346/6‑150 (MQ=255) ttCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGGGTCGCCGGGCGCGGCTTGTCCGGCCTGCGggcagg > 2:583936/1‑150 (MQ=255) tttGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGtata > 1:146581/1‑150 (MQ=255) gTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGCAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCATATCCGGCCTACGGGTAGGTATATcc > 1:1066434/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGTCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCg < 2:938795/150‑1 (MQ=255) ttCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCg > 1:906648/1‑150 (MQ=255) ttCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCg < 2:294303/150‑1 (MQ=255) ttCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGAGAATTTGCACG‑GGCGGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCg > 1:587341/1‑150 (MQ=255) tccgggggAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGGTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCgg < 2:120583/144‑1 (MQ=255) tCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGGA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCgg < 2:686374/150‑1 (MQ=255) cAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGACTGGGTGATTTTTGAATTACCGGCGCTGGGGCGTTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTCCGGGTAGGTATATACGGCt > 1:830868/1‑150 (MQ=255) cAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTAc > 2:341897/1‑132 (MQ=255) tttGTCGTTTTTTCGCGCG‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATTGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg < 2:320540/149‑1 (MQ=255) aTTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAg < 2:794307/150‑1 (MQ=255) 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cgccAGGCGCGGCTTAACCGGCCCACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAaggagg < 1:182582/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATTTAGATCCCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACt < 1:482196/150‑1 (MQ=255) aGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACt < 1:944671/150‑1 (MQ=255) aGGCGACGCTTATCCGGAATACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGAGCGAGCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGAACTCCGTCACACTTTTGCGGCCTCCAGAAAGCTAGCAACTGCGGAGGAGGTaat > 2:546848/1‑148 (MQ=255) ggCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACta > 2:702602/1‑149 (MQ=255) gcgcGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGc < 1:1016104/150‑1 (MQ=255) ggcgGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCt < 2:221503/149‑1 (MQ=255) cgcgGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCCCCAAATCCAGGTTGAACAAACCATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGACGGAGGTACTGCt > 2:636301/1‑150 (MQ=255) gCTTATCCGGCCTACGGGTAGGGATATCGTGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCGAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAACCAGTCACAACCTCCTTGAGGTGATCGTGGTTCACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGa < 2:847458/150‑1 (MQ=255) cTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGAc > 2:965525/1‑150 (MQ=255) aTCCGGCTGACGGGGAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACACAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGGCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGACGTc < 2:1051388/150‑1 (MQ=255) aTCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGa > 2:814229/1‑114 (MQ=255) cTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGCAGGAGGTACTGCTATGACGTCActctct > 1:218881/1‑150 (MQ=255) cTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATg > 1:647676/1‑138 (MQ=255) cTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGACGTCActctct < 2:655825/150‑1 (MQ=255) | CAGGTTACGTTTCATTTGTTCCAGAGGAACATTGTCGATTTTTCGCGCA‑TTGCTGGTGGCTGGGAATCACCTGAATGGGTGATTTTTGAATTACCGGCTTTGGTGCGGTTTGTCTTGCCGGATGCGCCGCCAGGCGCGGCTTATCCGGCCTACGGGTAGGTATATCCGGCTTTGGTGGAGGCGCGCTCCAAATCCAGGTTGAACAAAACATACACAAAAAATATAGATCTCCGTCACATTTTTGCGTTATACAGGAAGCTCGCCACTGTGAAGGAGGTACTGCTATGACGTCACTCTCT > NC_000913_3_hsa_pgi/4240069‑4240367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |