| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,354,297 | G→T | intergenic (‑247/‑428) | yhcC ← / → gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,354,297 | 0 | G | T | 99.0% | 354.3 / ‑4.3 | 99 | intergenic (‑247/‑428) | yhcC/gltB | putative Fe‑S oxidoreductase, Radical SAM superfamily protein/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (51/47); total (51/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
CATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGATTTTTTTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAA > NC_000913_3_pae_pgi/3354152‑3354434 | cATAATCAATCAAGATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGATTTTTTTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATTCTgg > 3:144942/1‑150 (MQ=255)cATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGATTTTTTTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATTCTgg > 4:540712/1‑150 (MQ=255)cATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGATTTTTTTATCTCCTGATGAATTTTAGGCATAAACAGTCGCATGAAACGTCATTACCAATGAAGGCAGTATAAAATTCTgg > 3:144933/1‑150 (MQ=255) 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aTTAAGGCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaat < 3:479754/150‑1 (MQ=255) ttAAGGCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGt > 3:702397/1‑141 (MQ=255) ttAAGGCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGt < 4:702397/141‑1 (MQ=255) ttAAGGCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTtaata > 4:452175/1‑150 (MQ=255) aaGGCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATaaa < 1:795050/150‑1 (MQ=255) ggCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGa > 1:275422/1‑150 (MQ=255) gCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGaa < 4:613375/150‑1 (MQ=255) gCAGTATAAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGaa < 4:613535/150‑1 (MQ=255) taAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGACAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTtct < 1:958702/80‑1 (MQ=255) taAAATTCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGACAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTtct > 2:958702/1‑80 (MQ=255) | CATAATCAATCAAAATTACCGAAATTTCATGCATAATCACATAAATCACTTTTGCTTATCTTGTGTCAGATTTTTTTATCTCCTGATGGATTTTAGGCAAAAACAGTAGCATGAAACGTCATTACCAATTAAGGCAGTATAAAATGCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCATTTAATAAAGAA > NC_000913_3_pae_pgi/3354152‑3354434 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |