| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1979270 | NA (NA) | 309 (2.360) | 167/268 | 0.0 | 69.3% | intergenic (‑55/‑483) | insA/uspC | IS1 repressor TnpA/universal stress protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 4259397 | 137 (1.040) | intergenic (‑134/‑184) | zur/yjbL | transcriptional repressor, Zn(II)‑binding/uncharacterized protein | |||||
Only 100 of 449 total aligned reads displayed.
TTGTGGTCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAACACGATAATAATTAATAATTCATTTTTAAATAAATTGCTTCAAGTTAACTCGCTATTTATTTAACTGGGTTTAAACGCATACCTGTAGTTCAGAAATTATGAGCGATTTTTGATAGTGACCAGATGGCAAAAGAATTATAAG > NC_000913_3_pae_pgi/4259248‑4259546 | tgGTCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTCAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGGTTTTCTGTCTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACTATTa > 3:739857/1‑150 (MQ=255) ggTCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtg > 2:1311348‑M2/1‑146 (MQ=255) gTCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtga > 4:856196‑M2/1‑145 (MQ=255) tCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgat > 3:564082‑M2/1‑144 (MQ=255) cTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAAAGATGATACTCTGTTTCGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatt < 3:314909‑M2/150‑8 (MQ=255) tttCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgct < 1:1324203‑M2/150‑10 (MQ=255) tttCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAaca < 3:898949/150‑1 (MQ=255) ttCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctg > 4:6520‑M2/1‑140 (MQ=255) tCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTGTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAACACGataa > 4:35758/1‑150 (MQ=255) gagcaCCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAAGGAAAACACCGAGAACCCTTCTTGTTTCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTATGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTAGTAggtggtgctggtaactt < 2:874118‑M2/148‑18 (MQ=255) ggCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCATAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATc > 4:453263/1‑137 (MQ=255) gCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttac < 2:285224‑M2/150‑20 (MQ=255) gCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAACGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtg > 2:529040‑M2/1‑131 (MQ=255) 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gAATGCCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGCTGATTTTCTGTTTTCTAGGTATGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgcccacttactgatttagtgtatgctggtgt < 4:404138‑M2/150‑41 (MQ=255) gTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1089487‑M2/1‑106 (MQ=255) ccTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 2:990909‑M2/1‑104 (MQ=255) cTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTATTGTTGATTTACCGTTTCGTAGGTAAGGTGTTATGTTTCCTTGTCGTACCATTATCAACACGATAATAATTAATAATTCCTTTTTTAATAAATTGccc > 2:335129/1‑148 (MQ=255) cTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:770788‑M2/1‑103 (MQ=255) tttACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAACGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTTCCTTGTCGTACCAggtgttgctgccaacttactgatttagtgtctgatggtgtttttgccgtgcc < 4:679696‑M2/150‑53 (MQ=255) ttACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTGATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTAGCAggtgatgctgccaactgactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc > 1:874118‑M2/1‑97 (MQ=255) ttACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctc < 3:214632‑M2/150‑54 (MQ=255) ccATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAACACGAtaataatt > 2:927901/1‑114 (MQ=255) cATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 3:465557‑M2/1‑93 (MQ=255) aTGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtg < 2:607301‑M2/150‑59 (MQ=255) tCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 3:876704‑M2/1‑88 (MQ=255) ccAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttc < 1:669165‑M2/150‑64 (MQ=255) ccAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggc > 1:1133447‑M2/1‑87 (MQ=255) ccAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta < 4:141730‑M2/118‑32 (MQ=255) ccAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgta > 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acCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca > 2:1444446‑M2/1‑76 (MQ=255) acCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 1:904576‑M2/150‑75 (MQ=255) acCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 2:115388‑M2/1‑76 (MQ=255) ccGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcag > 1:468653‑M2/1‑75 (MQ=255) agaACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAACACTATAATAATTAATAATTCATTTTTAAATAAATTGCTTCAAGTTAACTCGCTATTTATTTAACTGGGtt > 1:432456/1‑150 (MQ=255) 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ccAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatct < 1:1395509‑M2/150‑148 (MQ=255) ccAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccgga < 1:1268695‑M2/136‑134 (MQ=255) ccAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccgga > 2:1268695‑M2/1‑3 (MQ=255) cATTATCAACACGATAATAATTAATAATTCATTTTTAAATAAATTGCTTCAAGTTAACTCGCTATTTATTTAACTGGGTTTAAACGCATACCTGTAGTTCAGAAATTATGAGCGATTTTTGATAGTGACCAGATGGCAAAAGAATTATaa < 1:335129/150‑1 (MQ=255) aTTATCAACACGATAATAATTAATAATTCATTTTTAAATAAATTGCTTCAAGTTAACTCGCTATTTATTTAACTGGGTTTAAACGCATACCTGTAGTTCAGAAATTATGAGCGATTTTTGATAGTGACCAGATGTCAAAAGAATTATAag > 2:145983/1‑150 (MQ=255) | TTGTGGTCTTTTCCATCGGGCACCTCAAAGTGGGGGTTAAGAATGTCCTTACTTTACCATGTTCCAGGAAAAACACCGAGAACCCTTATTGTTGCCGTAATGTTGATTTTCTGTTTTGTAGGTAAGGTGTTATGTTGCCTTGTCGTACCATTATCAACACGATAATAATTAATAATTCATTTTTAAATAAATTGCTTCAAGTTAACTCGCTATTTATTTAACTGGGTTTAAACGCATACCTGTAGTTCAGAAATTATGAGCGATTTTTGATAGTGACCAGATGGCAAAAGAATTATAAG > NC_000913_3_pae_pgi/4259248‑4259546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |